Niet kleincellig longcarcinoom

Initiatief: NVALT Aantal modules: 65

NGS versus PCR bij testen op mutaties

Uitgangsvraag

Wat is de waarde van multiplex testen middels Next Generation Sequencing (NGS) voor het gericht op een beperkt aantal genen (‘targeted’) onderzoeken van tumormateriaal (histologisch/cytologisch) uit paraffine blokjes (of plasma) op de aanwezigheid van multipele relevante predictieve genomische veranderingen in gemetastaseerd niet-kleincellig longcarcinoom?

Aanbeveling

Gebruik bij voorkeur multiplex Next Generation Sequencing (NGS) analyse in plaats van meerdere parallelle uniplex testen, omdat er bij gemetastaseerde niet-kleincellig longcarcinoom predictieve analyse van meerdere genen verricht moet worden op een doorgaans beperkte hoeveelheid materiaal:

  1. Gebruik NGS bij voldoende materiaal (met > 10% tumorcellen (variant allelische frequentie (VAF) > 5%) of met voldoende hoeveelheid DNA (> 10ng input; preferentieel 50 tot 100 ng)).
  2. In het geval van materiaal met < 10% tumorcellen (VAF < 5%) of met zeer lage hoeveelheid DNA (< 10ng input): (1) overweeg in overleg met longarts verkrijgen van meer materiaal (een nieuw biopt of cytologie); (2) wanneer dat niet mogelijk is, gebruik dan indien beschikbaar single-gen mutatiedetectiemethoden voor de meest voorkomende EGFR-hotspotmutaties met een hogere analytische gevoeligheid en lagere DNA input (zoals ddPCR, biocartis). Definieer in de verslaglegging de beperkingen van deze test met betrekking tot de laagste hoeveelheid input DNA, limit of detection (LOD) en beperktere screening van predictieve genen.

 

Streef regionale samenwerking na voor het gezamenlijk gebruik van NGS in gemetastaseerde longkanker in verband met de hoge kosten van NGS en benodigde capaciteit voor efficiënte implementatie.

 

Gebruik geen whole exome sequencing (WES) of whole genome sequencing (WGS) voor routine predictief onderzoek van gemetastaseerde longkanker.

 

Gebruik geen standaard NGS methodiek voor celvrij DNA testen. De huidige ‘targeted’ NGS methoden, die gebruikt worden voor predictief testen van weefselmateriaal, hebben een betrouwbare sensitiviteit van 5% en zijn daarom niet geschikt voor het predictief testen van celvrij DNA uit plasma waarin mutaties met een VAF van 0,1% tot 1% gedetecteerd dienen te worden. Gebruik voor de analyse van cfDNA uit plama specifieke NGS methoden met hogere analytische sensitiviteit.

Overwegingen

Voor- en nadelen van de interventie en de kwaliteit van het bewijs

De beoordeelde literatuur waarin multiplex testen ten behoeve van targeted therapie in NSCLC wordt vergeleken met sequentiële, uniplex technieken, toont een vergelijkbare sensitiviteit voor de onderzochte mutaties. Hierbij dient echter te worden opgemerkt dat er in de verschillende studies met verschillend hoeveelheden uitgangsmateriaal is getest en dat informatie over tumorcelpercentage niet bij alle studies beschikbaar is. Met behulp van NGS worden naast de veelvoorkomende EGFR en KRAS mutaties echter additionele relevante predictieve mutaties aangetroffen, waaronder BRAF, PIK3CA, ALK, ROS, ERBB2 en ongewone EGFR mutaties.

 

Met betrekking tot het type en de hoeveelheid materiaal geldt in algemene zin

De grootte van aangeleverde materiaal (aantal en type monsters) voor predictieve testen is gerelateerd aan de kans op een betrouwbare uitslag. Chirurgische excisies en transthoracale naaldbiopten (2 á 3; 1 cm lang) leveren vaak voldoende tumorweefsel op. Daarentegen is bij bronchusbiopten (3 á 4; 1 tot 2 mm groot) het predictieve resultaat afhankelijk van de mate van tumor: bij 1 á 2 biopten vol tumor is er voldoende materiaal (> 10 tot 50 ng DNA) aanwezig voor NGS analyse. In geval van lymfangitis carcinomatosa kan wel een diagnose (gemetastateerd adenocarcinoom) gesteld worden, maar is er waarschijnlijk onvoldoende tumor gerelateerd DNA om een betrouwbare predictieve DNA of RNA gerelateerde uitslag te krijgen.

 

Bij cytologisch materiaal uit pleuravocht is de kans op een betrouwbare uitslag ook afhankelijk van de tumor celrijkdom. Tumorcelrijke monsters kunnen net zo goed zijn als een transthoracaal biopt. Bij enkele solitaire tumorcellen geldt waarschijnlijk hetzelfde als bij een lymfangitis carcinomatosa.

 

Bij EBUS/EUS/TBNA is bij cytologie ter plaatse (‘ROSE’) het raadzaam om meer monsters te nemen indien er tumorcellen bij de eerste poging gevonden worden. De informatie over stadiëring is dan mogelijk al bekend, maar om de predictieve analyse kans van slagen te geven zijn meerdere monsters van de positieve klier zeer nuttig.

 

De bewijslast van de studies is laag, aangezien het uitgangsmateriaal vaak in onvoldoende detail beschreven is, en doorgaans niet is gewerkt met wisselend brede panels en/of beperkende hoeveelheden materiaal. Gezien het feit dat in de studies met name de performance van de vergeleken technieken met betrekking tot afzonderlijke genen wordt weergegeven, kan geen zekere uitspraak worden gedaan over het cumulatieve aantal mutaties dat over een set van verschillende genen zou worden aangetoond dan wel gemist, al is het aannemelijk dat breed testen met behulp van NGS leidt tot de vondst van een groter aantal predictieve mutaties voor targeted therapie.

 

Het is aannemelijk dat bij een beperkende hoeveelheid materiaal ten aanzien van DNA inhoud en/of tumorcelpercentage de multiplex techniek (NGS) een groter aantal genomische afwijkingen zal kunnen aantonen.

 

Waarden en voorkeuren van patiënten (en eventueel hun verzorgers)

Multiplex testing is erop gericht, en gebleken in staat, om met zo weinig mogelijk materiaal uit een meestal geringe hoeveelheid materiaal in het biopt (of in cytologie/cfDNA) een zo compleet mogelijke uitslag te generen, en met inmiddels beschikbare technieken en panels alle nu behandelbare targets te omvatten. Bij sequentieel of parallel testen van meerdere afzonderlijke mutatie-hotspots van een beperkt aantal genen kunnen anderzijds wellicht de grenzen van het haalbare met schaars routinemateriaal van NSCLC worden bereikt, wat daarom zal leiden tot incomplete uitslagen en de eventuele noodzaak tot het verkrijgen van aanvullend materiaal.

 

Kosten (middelenbeslag)

In de budgetimpact analyse (BIA) bij de richtlijn (zie aanverwante producten) is een schatting gemaakt van het verwachte aantal predictieve testen dat jaarlijks uitgevoerd zal worden en de kosten hiervan.

 

Haalbaarheid en implementatie

Vanwege het testen voor mutaties van een groter aantal predictieve markers, is NGS analyse van tumor DNA bij uitstek de techniek voor deze analyse met het weinig beschikbare materiaal. De implementatie van NGS gaat wel gepaard met relatief hoge implementatiekosten. Op dit moment is het gebruik van whole exome sequencing (WES) of whole genome sequencing (WGS) voor routine predictief onderzoek van gemetastaseerde longkanker nog niet geschikt vanwege de hele hoge kosten (Pasman, 2019), alleen efficient op vriesmateriaal (en niet op routine FFPE materiaal) en slechts 64% van ingestuurde samples (2338/4018) levert een bruikbaar mutatie-profiel op (Priestly, 2019).

 

Het gebruik van NGS is alleen kosteneffectief bij analyse van een groter aantal monsters en vereist moleculair biologische expertise en bioinformatica ondersteuning. Derhalve is NGS niet haalbaar voor diagnostieklaboratoria met kleine aantallen monsters voor predictieve testen en zal dit derhalve plaatsvinden in laboratoria met voldoende volume en expertise.

 

Verder ligt het in de lijn der verwachting dat gezien de noodzaak tot het testen van zowel multipele mutaties (bijvoorbeeld EGFR, erbB2/HER2, BRAF en KRAS) als genfusies (bijvoorbeeld ALK, ROS1, RET, NTRK, MET) een combinatie van DNA en RNA gebaseerde NGS haar intrede zal doen. Gezien de vereiste snelle doorlooptijden en vanwege efficiënt gebruik van de vaak geringe hoeveelheid bioptmateriaal voor de moleculair diagnostisch analyse, is het gewenst om zowel IHC, DNA-gebaseerde mutatieanalyse en RNA-gebaseerde fusiegenanalyse gelijktijdig in te zetten zodat de clinicus het complete profiel binnen afzienbare tijd tot zijn beschikking heeft om een optimale behandelkeuze te kunnen maken.

Onderbouwing

Predictieve bepalingen in niet-kleincellig longcarcinoom (NSCLC) worden gekenmerkt door een toenemend spanningsveld tussen enerzijds de vaak beperkte hoeveelheid uitgangsmateriaal (veelal CT geleide histologische naaldbiopten dan wel endoscopisch verkregen histologisch en/of cytologisch materiaal) en anderzijds het toenemende aantal en de complexiteit van de omtrent therapeutische beslissingen over in te stellen targeted therapie en/of immunotherapie vereiste parameters. Er bestaat aanzienlijke praktijkvariatie tussen pathologielaboratoria met betrekking tot (1) het beschikbare aanbod aan verschillende bepalingen, (2) het percentage waarin de hiervoor in aanmerking komende patiënten daadwerkelijk wordt getest en (3) de toegepaste technieken en het algoritme voor het testen van het beschikbare materiaal.

Low

GRADE

In studies comparing multiplex NGS with single gene PCR techniques for detecting mutations in patients with non-small cell lung cancer using tissue samples, the percentage of false negative test results for NGS ranged from 0% to 16%.

 

Sources: (D’Haene, 2015; Froyen, 2016; Gao, 2016; Hinrichs, 2015; Jing, 2018;

Legras, 2018; Mehrad, 2018; Tuononen, 2013; Xu, 2016)

 

Low

GRADE

In studies comparing multiplex NGS with single gene PCR analysis for detecting mutations in patients with non-small cell lung cancer using tissue samples, the percentage of additional mutations found (PCR negative and NGS positive) ranged from 0% to 23%

 

Sources: (D’Haene, 2015; Froyen, 2016; Gao, 2016; Hinrichs, 2015; Jing, 2018;

Legras, 2018; Tuononen, 2013; Xu, 2016)

 

Low

GRADE

In studies comparing multiplex NGS with single gene PCR analysis for detecting mutations in patients with non-small cell lung cancer using tissue samples, the percentage of failed tests ranged from 0% to 5.5% for NGS and 3.7 % to 10% for PCR.

 

Sources: (D’Haene, 2015; Legras, 2018; Tuononen, 2013)

 

Low

GRADE

Comparing multiplex NGS with single gene PCR analysis for detecting mutations in patients with non-small cell lung cancer using specimens from bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluids, the percentage of false negative test results for NGS was 0%. The number of additional patients in whom EGFR mutations were found (PCR negative and NGS positive) was five (42%).

 

Sources: (Buttitta, 2013)

 

Low

GRADE

Comparing multiplex NGS with single gene PCR analysis for detecting EGFR mutations in circulating cell-free DNA from liquid biopsy in patients with non-small cell lung cancer, the number of false negative test results for NGS (PCR positive and NGS negative) was four (% false negative=15%). The number of additional patients in whom EGFR mutations were found in circulating cell-free DNA (PCR negative and NGS positive) was one.

 

Sources: (Iwama, 2017)

Description of studies

Ten studies reported on NGS performed on lung tissue samples from surgical resections or biopsies. Nine of these studies reported on diagnostic accuracy of NGS versus non-multiplex tests in detecting mutations (D’Haene, 2015; Froyen, 2016; Gao, 2016; Hinrichs, 2015; Jing, 2018; Legras, 2018; Mehrad, 2018; Tuononen, 2013; Xu, 2016). Zugazagoitia (2018) also compared NGS with PCR, but only reported the number of failed tests.

 

D'Haene (2015) reported on a retrospective study in which the tumor samples from 90 patients, including 39 patients with NSCLC, were analysed with NGS mutation testing of tumor samples from surgical resections (n=13) or biopsies (n=16) using the Ion Ampliseq™ Library kit 2.0 Lung Cancer panel (Ampliseq™, Life Technologies). 10 ng of DNA was used. The EGFR mutational status in NSCLC had been previously assessed by PCR in the context of daily practice.

 

In the observational study by Froyen (2016), targeted NGS screening using the TruSeq Amplicon was compared to standard assays, Therascreen PCR kits for KRAS, BRAF, EGFR, and NRAS. For the NGS screening, the total amount of input DNA ranged from < 10 ng to 250 ng. Both validation samples (n=40, of which 11 NSCLC samples) and clinical samples (n=150, of which 99 NSCLC samples) were included. The results on the diagnostic accuracy of NGS were only reported for the validation samples.

 

Gao (2016) tested 138 FFPE samples obtained from surgical resection in NSCLC patients. The NextDaySeq-Lung panel on Ion Torrent System (EGFR, KRAS, PIK3Ca, BRAF) was compared to Quantitative PCR and Sanger PCR for testing on mutations in EGFR, KRAS, PIK3Ca, BRAF. For NGS analysis, the DNA concentration was measured and adjusted to 20-50 ng/µL.

 

Hinrichs (2015) reported on the results of NGS in 25 NSCLC samples selected from a Dutch biobank. Samples with KRAS and EGFR mutations detected in routine diagnostics were selected for analysis. In routine practice mutation status was determined by HRM prescreening in combination with Sanger sequencing. They reported the results of two NGS platforms: Roche 454 and ThermoFisher Ion Torrent. The results reported the percentage of failed tests and the diagnostic accuracy for identifying EGFR and KRAS mutations.

 

In the study by Jing (2018), the results of the Lung panel (including BRAF, EGFR, KRAS, NRAS, PIK3CA, Her-2 and TP53) on an IonTorrent system were compared to the results of Sanger sequencing and ddPCR for detecting EGFR mutations. Non-small cell lung tumor tissues from 112 patients were used. Outcome measures were the diagnostic accuracy and the number of failed tests.

 

Legras (2018) reported the prospectively registered data of 2 years of experience in routine molecular testing; results of NGS using a dedicated panel of 92 amplicons (Ion AmpliSeq Colon-Lung Cancer Research Panel version 2) covering > 500 hotspot mutations were compared to the results of PCR using TaqMan mutation assays for EGFR and TaqMan probes for KRAS. For the analysis, 1343 FFPE samples of NSCLC patients submitted to the laboratory for molecular diagnosis; IIIB or IV NSCLC with treatment intent were used.

In the study by Mehrad (2018), tissues from 46 adenocarcinomas and not specified NSCLCs were subjected to a 50-gene Ion AmpliSeq Cancer Panel. These tissues had been initially tested for the 8-gene panel composed of DNA Sanger sequencing for EGFR, KRAS, PIK3CA, and BRAF and fluorescence in situ hybridization for ALK, ROS1, MET, and RET. The data on the diagnostic accuracy were reported for the subset of patients with mutations found using Sanger sequencing (n=17).

 

In the study by Tuononen (2013), the result of Agilent Capture NGS (on Illumina platform) for screening of EGFR, KRAS and BRAF mutations was compared to the results of real time PCR, using TheraScreen EGFR PCR Kit, TheraScreen KRAS PCR Kit, and the AmoyDx BRAF V600E Mutation detection kit in 81 samples from NSLC tumors.

 

In the study by Xu (2016) lung tumor tissue samples from 188 consecutive patients who underwent radical surgical resection of primary lung cancer were used for molecular testing. Mutation status of EGFR, KRAS, PIK3CA and BRAF was determined using qPCR techniques and compared to the results of NGS using NextDaySeq Lung panel on Ion TorrentTM PGM. The comparison between the NGS lung cancer panel and qPCR assays was blinded.

 

Zugazagoitia (2018) compared next-generation DNA sequencing with the Ion Ampliseq Colon and Lung Cancer Research Panel v2 with single-gene testing for EGFR, ALK or ROS1 mutations using PCR (EGFR) or immunohistochemistry (ALK/ ROS1). Tissues from consecutive advanced-stage NSCLC patients were used. Most samples were obtained from tumor biopsies.

 

One study reported on the results of NGS using specimens from bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluids (Buttita, 2013). 95 BAL and pleural fluids with a documented EGFR mutation were selected from patients with lung adenocarcinoma who underwent surgical resection or biopsy. 48 cases with low percentages or absence of tumor cells were selected for Sanger sequencing and next-generation sequencing (NGS). The first series consisted of 36 cases with 0.3% to 9% of neoplastic cells (series A). The second series included 12 cytologic samples, judged to be negative for neoplastic cells by morphologic examination (series B). NGS consisted of PCR amplification and deep sequencing by the 454 GS Junior System. Results were compared to the outcome of Sanger sequencing analysis of EGFR mutations (in exons 19 and 21). The EGFR mutation status was tested in two series.

 

Iwama (2017) investigated the usefulness of circulating cell free DNA from liquid biopsy testing during treatment of lung adenocarcinoma. In patients with advanced lung adenocarcinoma positive for EGFR activating mutations plasma samples were collected before and during afatinib treatment as well as at disease progression. Tumor and plasma DNA were available for 32 patients. The ability to detect EGFR activating mutations with NGS using the Ion AmpliSeq Colon and Lung Cancer Panel v2 was compared to ability to detect EGFR activating mutations by PCR.

 

One study compared diagnostic performance of pleural effusion specimens with biopsy specimens (Liu, 2018). NGS, using Ion Proton sequencers (Thermo Fisher, Waltham, MA, USA), was used to detect clinically relevant genomic alterations in 9 genes (EGFR, KRAS, PIK3CA, BRAF, MET, RBB2, ALK, ROS1, and RET). Mutations of EML4-ALK, EGFR, and KRAS were also analysed using commercially available kits from Amoy Diagnostics, based on the ARMS real time PCR technology. A total of 30 malignant pleural effusion and matched-biopsy specimens with a documented EGFR/KRAS/ALK mutation were used for mutation testing.

Results concerning testing in lung tissue samples

Ten studies reported the percentage of false negative test results or data that could be used to calculate the percentage of false negative test results. The main results per study are summarized in Table 1

 

Table 1 Percentage of false negative test results for NGS in included studies

Study

NGS

Amount of DNA

Reference test

Tested mutation (s)

N samples

Prevalence mutations (using reference test)

Sensitivity of NGS (PCR as reference test)

% false negative NGS

% additional samples positive for mutations, with NGS (type)*)

other mutations found with NGS

D’Haene 2015

Ion Ampliseq

10 ng

quantitative PCR

EGFR

38

in n=3 cases

8.6%

100%

0%

1/35=3% (EGFR)

 

TP53 (n=15),STK11 (3), BRAF (1), PIK3CA (1), CTNNB1 (1)

Froyen 2016

TruSeq Amplicon

ranged from <10 ng to 250 ng

Therascreen PCR kits

KRAS, BRAF,

EGFR, NRAS

11

in n=3 samples

27%

100%

0%

0%

-

 

 

 

 

 

99

-

 

-

 

 

Gao 2016

NextDaySeq-Lung panel on Ion Torrent System

DNA concentration measured and adjusted to 20-50 ng/µL

1. Sanger PCR

 

EGFR, KRAS, PIK3Ca, BRAF

138

in n=68 samples

49%

100%

0%

 

17.8%

 

-

2. QPCR

 

EGFR, KRAS, PIK3Ca, BRAF

138

n=68

49%

93.8%

6,2%

 

3.8%

 

Hinrichs 2015

1. NGS-454

2. NGS-IonT

?

PCR

KRAS, EGFR

25

KRAS: n=14, 56%

EGFR: n=6, 24%

100%

KRAS:0%

EGFR: 0%

1/11=9% (KRAS)

NGS-IonT: 15 additional mutations in APC (n=1), BRAF (1), JAK3 (1), KIT (2), MET (2), PIK3CA (3), and TP53 (5).

Jing 2018

The Lung panel on Iontorrent system

15 ng

Sanger

 

EGFR

112

n=42

37.5 %

95.2%

4.8%

16/70=23%

NGS: mutations detected in EGFR (in n=58 tumors), KRAS (10), BRAF (2), NRAS (2), Her‑2 (2), PIK3CA (6) and TP53 (31).

ddPCR

 

EGFR

101

n=48

47.5%

96%

4%

1/53=2%

 

Legras 2018

Ion AmpliSeq Colon-Lung Cancer Research Panel v2

30 ng whenever possible

 

% OF TUMOR CELLS

0: n= 7 (0.5%)

<20: n= 123 (9%)

20-50: n=457 (34%)

>50: n= 486 (36%)

Unknown: n=270 (20%)

PCR (Taqman)

EGFR, KRAS

1175

KRAS:

n=302,

25%

100%

0%

7.7 % KRAS (incl 58 rare KRAS mutations)

-

1166

EGFR:

n=190

16%

100%

0%

4.4% EGFR (incl 40 rare EGFR mutations)

 

Mehrad 2018

Ion AmpliSeq Cancer Panel

10 ng

DNA Sanger sequencing and fluorescence in situ hybridization

EGFR, KRAS, PIK3CA, BRAF, ALK,

ROS1, MET, and RET

46

n=17 patients

37%

100%

0%

 

-

Tuononen 2013

Illumina

HISeq2000 sequencer

2–3 µg

Real time PCR; Threascreen / AmoyDx

EGFR, KRAS, BRAF V600E

81

EGFR: 22%

KRAS: 32%

BRAF: 0%

EGFR 83.3%

KRAS 96%

BRAF (could not be calculated)

EGFR 16.7%

KRAS 4%

BRAF -

0%

 

0%

 

0%

 

Xu 2016

NextDaySeq Lung panel on Ion Torrent TM PGM

slides with ≥10% tumor tissue were used for molecular testing

qPCR

EGFR, KRAS, PIK3CA and BRAF

 

179

n=109 patients (58%) carried alterations:

EGFR (n=93)

KRAS (17)

BRAF (4)

PIK3CA (6)

90%

10.%

2/80=2,5%

-

* derived from the percentage of ‘false positive tests’ (= PCR negative and NGS positive); 100%-specificity; counted only the additional mutations of the same type

 

Number of false negative test results

Most studies reported a sensitivity of 100% for NGS for detecting mutations in NSCLC patients, using PCR as a reference method. Only four studies reported a sensitivity lower than 100% (Gao, 2016; Jing, 2018; Tuononen, 2013; Xu, 2016). The percentages of false negative tests in these studies ranged from 4% to 16%.

 

Table 2 Percentage of failed test results for NGS and PCR

Study

NGS

Amount of DNA (NGS)

Reference test

Tested mutation (s)

N samples (both tests)

% failed tests (NGS)

% failed tests (PCR)

D’Haene 2015

Ion Ampliseq

10 ng

quantitative PCR

EGFR

39

3%

10%

Froyen 2016

TruSeq Amplicon

ranged from <10 ng to 250 ng

Therascreen PCR kits

KRAS, BRAF,

EGFR, NRAS

11

-

 

 

 

 

 

 

99

16%

-

Hinrichs 2015

1. NGS-454

2. NGS-IonT

 

PCR

KRAS, EGFR

25

KRAS: 20%

EGFR: 16%

-

Jing 2018

The Lung panel on Iontorrent system

15 ng

ddPCR /

Sanger

EGFR

112

17/129=13%

-

Legras 2018

Ion AmpliSeq Colon-Lung Cancer Research Panel v2

30 ng whenever possible

 

% OF TUMOR CELLS

0: n= 7 (0.5%)

<20: n= 123 (9%)

20-50: n=457 (34%)

>50: n= 486 (36%)

Unknown: n=270 (20%)

PCR (Taqman)

EGFR, KRAS

1279

5.5%

EGFR: 5.3%

KRAS: 5.9%

Tuononen 2013

Illumina

HISeq2000 sequencer

2–3 µg

Real time PCR; Theraascreen / AmoyDx

EGFR, KRAS, BRAF V600E

81

0%

3.7%

Zugazagoitia 2018

 

Ion Ampliseq

Lung Cancer Research Panel v2

10 ng ; in cases <10 ng and/or <1.67 ng/mL, DNA samples were not further concentrated, and were also subjected to NGS

PCR (EGFR) and IHC (ALK, ROS1)

EGFR

ALK

ROS1

109

13%

-

 

Number of failed tests

Seven studies reported on the number of failed tests (Table 2). In these studies, the percentages of failed NGS tests ranged from 0 to 20%. Main reasons for failed test results were the amount of DNA obtained after extraction was too low, insufficient number of reads, insufficient data DNA and poor DNA quality of the NGS analysis. Only three studies also reported the number of failed reference tests (D’Haene, 2015; Legras, 2018; Tuononen, 2013). The percentages of failed PCR tests ranged from 3.7% to 10%. In these studies, the percentages of failed NGS tests ranged from 0 to 5.5%. D’Haene (2015) and Tuononen (2013) reported lower percentages of failed test results for NGS as compared to PCR. In the study by Legras (2018), the percentages of failed test results were comparable for both methods. In this study different tumor cell percentages per samples were included, ranging from 0% to > 50 % of tumor cells. The authors reported that low DNA concentration was related to a low tumor cell content. Low DNA concentration was related to NGS failure. In dilutions of 5 and 1 ng aberrations with < 5% allelic frequency were not detected.

 

Results concerning testing in pleural effusions specimens

Buttitta (2013) compared NGS with PCR in specimens from BAL and pleural fluids. In series A with concentrations between 0.3% and 9% of neoplastic cells, EGFR mutations were detected in 5 (14%) of cases using specimens from BAL and pleural fluids by Sanger sequencing (gDNA) and in 29 (81%) of cases by NGS. The sensitivity of NGS using PCR as a reference method was 100%, resulting in a percentage of false negative test results of 0%. In series B with cytologic samples judged to be negative for neoplastic cells by morphologic examination, all samples were negative for EGFR mutation by Sanger sequencing, whereas 5 (42%) of them were positive by NGS (=percentage of additional found mutations). No data on the number of failed tests were reported.

 

Liu (2018) reported the diagnostic performance of pleural effusion specimens (NGS), in detecting EGFR/KRAS/ALK mutations, using the thoracic biopsy specimens (ARMS PCR) as a reference. The sensitivity of NGS using PCR as a reference was 92.3%, the specificity 50.0%,

 

Iwama (2017) compared the results of NGS with PCR using circulating cell-free DNA (cfDNA). Tumor and plasma DNA were available for 32 patients with an EGFR mutation in tumor DNA. At baseline 26 patients had an EGFR activating mutations in cfDNA samples measured with dPCR (81.3%). Using NSG, in 23 (=71.9%) of the patients an EGFR mutation was found. In 27 (84.4%) of 32 patients, dPCR and NGS yielded concordant results. Thus, the sensitivity of NGS for detecting EGFR mutation in plasma DNA, using PCR as reference is 22/26=85%. A total of 45 somatic mutations was identified in baseline tumor DNA (mutations in EGFR, TP53, CTNNB1), and 30 (66.7%) of these mutations were identified in cfDNA by NGS.

 

Level of evidence of the literature

In most studies, the selection of patients was unclear. Although in most studies the index test results were not interpreted without knowledge of the results of the reference standard, the risk of bias concerning this aspect is considered low, because with NGS the data are automatically analyzed.

 

The level of evidence regarding both outcome measures of testing mutations in tissue samples (number of false negative test results and number of failed tests) was downgraded with two levels because of study limitations (risk of bias) and conflicting results (inconsistency).

 

The level of evidence regarding the outcome measures of testing mutations in specimens from BAL and pleural fluids was downgraded with two levels because of study limitations (risk of bias) and imprecision (low number of samples tested).

A systematic review of the literature was performed to answer the following question:

What is the chance of false positive test results and the percentage of failed tests in NGS versus PCR in detecting mutations at DNA level in specimens from patients with NSCLC?

 

P: patients (specimens from) patients with metastatic NSCLC with (possible) driver aberrations;

I: intervention multiplex testing, Next Generation Sequencing (NGS);

C: control non-multiplex (single marker) testing, (sequential) targeted PCR;

O: outcome measure diagnostic accuracy/ chance of false negative test results; percentage of failed tests.

 

Relevant outcome measures

The guideline development group considered the chance of false negative test results as a critical outcome measure for decision making and the percentage of failed tests as an important outcome measure for decision making.

 

Search and select (Methods)

The databases Medline (via OVID) and Embase (via Embase.com) were searched with relevant search terms from January 2012 until 17 September 2018. The detailed search strategy is depicted under the tab Methods. The systematic literature search resulted in 236 hits. Studies were selected based on the following criteria: including specimens from the relevant population, comparing multiplex with non-multiplex tests for detecting mutations, and reporting relevant outcome measures. Twenty-two studies were initially selected based on title and abstract. After reading the full text, nine studies were excluded (see the table with reasons for exclusion under the tab Methods), and thirteen studies were included.

 

Results

Fourteen studies were included in the analysis of the literature. Important study characteristics and results are depicted in the evidence tables. The assessment of the risk of bias is depicted in the risk of bias tables.

  1. 1 - Buttitta F, Felicioni L, Del Grammastro M, et al. Effective assessment of egfr mutation status in bronchoalveolar lavage and pleural fluids by next-generation sequencing. Clin Cancer Res. 2013;19(3):691-8. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-12-1958.
  2. 2 - D'Haene N, Le Mercier M, De Nève N, et al. Clinical Validation of Targeted Next Generation Sequencing for Colon and Lung Cancers. PLoS One. 2015;10(9):e0138245. doi: 10.1371/journal.pone.0138245.
  3. 3 - Froyen G, Broekmans A, Hillen F, et al. Validation and Application of a Custom-Designed Targeted Next-Generation Sequencing Panel for the Diagnostic Mutational Profiling of Solid Tumors. PLoS One. 2016;11(4):e0154038. doi: 10.1371/journal.pone.0154038.
  4. 4 - Gao J, Wu H, Shi X, et al. Comparison of Next-Generation Sequencing, Quantitative PCR, and Sanger Sequencing for Mutation Profiling of EGFR, KRAS, PIK3CA and BRAF in Clinical Lung Tumors. Clin Lab. 2016;62(4):689-96.
  5. 5 - Hinrichs JW, van Blokland WT, Moons MJ, et al. Comparison of next-generation sequencing and mutation-specific platforms in clinical practice. Am J Clin Pathol. 2015;143(4):573-8. doi:10.1309/AJCP40XETVYAMJPY.
  6. 6 - Iwama E, Sakai K, Azuma K, et al. Monitoring of somatic mutations in circulating cell-free DNA by digital PCR and next-generation sequencing during afatinib treatment in patients with lung adenocarcinoma positive for EGFR activating mutations. Ann Oncol. 2017 Jan 1;28(1):136-141. doi: 10.1093/annonc/mdw531.
  7. 7 - Jing C, Mao X, Wang Z, et al. Next‑generation sequencing‑based detection of EGFR, KRAS, BRAF, NRAS, PIK3CA, Her‑2 and TP53 mutations in patients with non‑small cell lung cancer. Mol Med Rep. 2018;18(2):2191-2197. doi: 10.3892/mmr.2018.9210.
  8. 8 - Legras A, Barritault M, Tallet A, et al. Validity of Targeted Next-Generation Sequencing in Routine Care for Identifying Clinically Relevant Molecular Profiles in Non-Small-Cell Lung Cancer: Results of a 2-Year Experience on 1343 Samples. J Mol Diagn. 2018 Jul;20(4):550-564. doi:10.1016/j.jmoldx.2018.04.002.
  9. 9 - Liu L, Shao D, Deng Q, et al. Next generation sequencing-based molecular profiling of lung adenocarcinoma using pleural effusion specimens. J Thorac Dis. 2018;10(5):2631-2637. doi: 10.21037/jtd.2018.04.125.
  10. 10 - Mehrad M, Roy S, Bittar HT, Dacic S. Next-Generation Sequencing Approach to Non-Small Cell Lung Carcinoma Yields More Actionable Alterations. Arch Pathol Lab Med. 2018;142(3):353-357. doi: 10.5858/arpa.2017-0046-OA.
  11. 11 - Newman AM, Lovejoy AF, Klass DM, Kurtz DM, Chabon JJ, Scherer F, Stehr H, Liu CL, Bratman SV, Say C, Zhou L, Carter JN, West RB, Sledge GW, Shrager JB, Loo BW Jr, Neal JW, Wakelee HA, Diehn M, Alizadeh AA. Integrated digital error suppression for improved detection of circulating tumor DNA. Nat Biotechnol. 2016;34(5):547-555. doi: 10.1038/nbt.3520.
  12. 12 - Pasman CTB, Tops BBJ, Steegs EMP, et al. 2019. Micro-costing Diagnostics in Oncology: From Single-Gene Testing to Whole Genome Sequencing. doi: https://doi.org/10.1101/19009969.
  13. 13 - Priestley P, Baber J, Lolkema MP, et al. Pan-cancer whole-genome analyses of metastatic solid tumours. Nature. 2019;575(7781):210-216.Tuononen K, Mäki-Nevala S, Sarhadi VK, et al. Comparison of targeted next-generation sequencing (NGS) and real-time PCR in the detection of EGFR, KRAS, and BRAF mutations on formalin-fixed, paraffin-embedded tumor material of non-small cell lung carcinoma-superiority of NGS. Genes Chromosomes Cancer. 2013;52(5):503-11. doi: 10.1002/gcc.22047.
  14. 14 - Xu X, Yang Y, Li H, et al. Assessment of the clinical application of detecting EGFR, KRAS, PIK3CA and BRAF mutations in patients with non-small cell lung cancer using next-generation sequencing. Scand J Clin Lab Invest. 2016;76(5):386-92. doi: 10.1080/00365513.2016.1183813.
  15. 15 - Zugazagoitia J, Rueda D, Carrizo N, et al. Prospective Clinical Integration of an Amplicon-Based Next-Generation Sequencing Method to Select Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer Patients for Genotype-Tailored Treatments. Clin Lung Cancer. 2018;19(1):65-73.e7. doi: 10.1016/j.cllc.2017.06.008.

Evidence table NGS or non-multiplex testing for mutations in NSCLC

Research question: what are the chance of false positive test results and percentage of failed tests in NGS versus PCR in detecting mutations in tissues from patients with NSCLC

Study reference

Study characteristics

Patient characteristics

Intervention (I)

Comparison / control (C)

Outcome measures and effect size

Comments

Buttitta 2013

Observational study, retrospective

95 Bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluids corresponding to tissue samples with a documented EGFR mutation were

Selected from patients with lung adenocarcinoma who underwent surgical resection or biopsy

 

48 samples selected for deep sequencing

 

36 samples with 0.3% to 9% of neoplastic cells (series A) and 12 cases without evidence of tumor (series B) (=cytologic samples

judged to be negative for neoplastic cells by morphologic

examination).

 

BAL (33 cases) and pleural effusions (15 cases

next-generation sequencing (NGS)

 

PCR amplification and deep sequencing by the 454 GS Junior System (454 Life Sciences and Roche Applied Sciences)

 

PCR reactions were carried

out by primers, specially designed for EGFR exon 19 and 21

 

PCR reactions were run in

30 mL reaction volumes, containing 5.5 mmols dNTPs, 11mmols of each primer, 2.75 µL PCR buffer, 1 µL DNA, and

1.3 units of FastStart HiFi Polymerase

Sanger sequencing

 

Sanger sequencing analysis of EGFR exons 19 and 21 was conducted on the ABI Prism 3100 DNA

Analyzer (Applied Biosystem)

the EGFR mutation status assessed by Sanger sequencing on the corresponding surgical specimen was considered as a reference

 

In series A (n=36)

EGFR mutations were detected in 5 (14%) of cases by Sanger sequencing (gDNA) and in 29 (81%) of cases by NGS.

 

Sensitivity NGS=5/5 =100%; false negative = 0%

 

In series B (n=12)

all samples were negative for EGFR mutation by Sanger sequencing, whereas 5 (42%) of them were positive by NGS; types of mutations corresponded exactly to those observed by Sanger in matching tissue samples

 

Assessment of EGFR Mutation Status in Bronchoalveolar Lavage and Pleural Fluids

 

Selection of 48 cases from 95 samples unclear (only cases with low percentages or absence of tumor cells?)

 

Case-control design

 

D'Haene 2015

 

Belgium

Observational study, retrospective

Tumor samples from 90 patients, including 51 colorectal adenocarcinomas

and 39 NSCLC including 37 adenocarcinomas

and 2 squamous carcinomas).

 

FFPE tumor samples;

13 surgical resections; 16 biopsies;

 

In addition, they used 12 non neoplastic samples (6 lungs and 6 colons) and 5 commercial FFPE reference standards

NGS

 

Ion Ampliseq™ Library kit 2.0

 

the Colon and Lung Cancer

panel (Ampliseq™, Life Technologies)

 

10 ng of DNA

quantitative PCR

 

EGFR

 

The mutational status EGFR (p.L858R and deletions in exon 19) in NSCLC had been previously assessed by PCR in the context of daily practice.

Failed tests (CRC and NSCLC samples)

Among the 90 sequenced cases, 89 (98.9%) were successful

The unsuccessful case was considered non-informative

because of a number of reads <100.000 and average base coverage <500x

 

For 12 cases, the amount of DNA obtained after extraction

was too low to reach the required 10ng for targeted sequencing; however, sequencing was successful and no differences between samples >10 ng and samples < 10 ng,

 

Sequencing was successful for 38 of the 39 samples tested (97%) whereas the EGFR analysis with the PCR method was successful for only 35 of the 39 samples (90%).

 

Diagnostic accuracy NSCLC tissues:

Using NGS, mutations in EGFR were detected in 4/38 cases (10.5%). Three out of four EGFR mutations were also detected by PCR

 

concordance between the two methods for EGFR mutations detection was of 33/ 34 (97%).

 

mutations in other genes detected by NGS (NSCLC samples):

KRAS: 15/38 (39.5%),

TP53: 15/38 (39.5%),

STK11 for 3/38 (7.9%),

BRAF: one sample (2.6%),

PIK3CA: one patient (2.6%),

CTNNB1: one sample (2.6%).

evaluated the clinical applicability of the Ion Ampliseq Colon and

Lung cancer panel on the Ion Torrent Personal Genome Machine

 

 

Froyen 2016

Observational study

FFPE-extracted DNA

 

1. Validation samples: 40 prospective samples solid tumors including 11 NSCLC samples

 

2. clinical samples: 150 FFPE samples, including 99 NSCLC samples

 

About 80% of NSCLC samples were biopsies

targeted NGS screening

 

TruSeq Amplicon

 

(coverage >300

and VAF >5%)

 

In case of an estimated number of 100 tumor cells and a tumor content 10%, the corresponding

regions were scraped from 5 to 10 unstained serial sections and DNA was extracted

 

the total amount of input DNA ranged from <10 ng to 250 ng.

Standard assays;

 

orthogonal diagnostic tests for solid tumors

 

- Therascreen EGFR RGQ PCR kit (Qiagen) detects 29 somatic mutations in exons 18 to 21 of EGFR

- Therascreen BRAF RGQ

PCR kit (Qiagen) for 5 mutations V600 of BRAF.

- RAS: in-house developed KRAS G12-G13 qPCR to screen for 7 KRAS mutations in codons 12 and 13

- Therascreen RAS extension Pyro kit (Qiagen) for detection of mutations in KRAS codons 59, 61, 117 and 146.

- mutations in codons 12, 13, 59, 61, 117 and 146 of NRAS were screened for by the Therascreen NRAS Pyro kit (Qiagen).

Failed tests

Sample n=150 (n=99 NSCLC) an insufficient number of reads (mean coverage <300) was obtained for 20 (16 NSCLC) samples; not always due to a low start amount of DNA (<50 ng)

 

In 101/130 specimens, a total of 155 pathogenic or presumed pathogenic variants were detected in 16 genes

Subgroup NSCLC, prevalence

KRAS (27/99= 33%)

BRAF (8/99=10%)

EGFR (10/99=12%)

 

Diagnostic accuracy (data from 40 FFPE validation samples):

Sens=100%

Spec=100%

FP=0

FN=0

 

Concerning the clinical sample (n=150): only number of samples with mutation reported (not compared to results by standard assays)

Sensitivity / specificity: based on 40 samples of which 20 samples with a mutation; 3 of these 20 samples were from NSCLC patients

Gao 2016

 

China

observational

138 FFPE samples of NSCLC; patients who underwent surgical resection

 

 

NGS

 

NextDaySeq-Lung panel on Ion Torrent System

 

EGFR, KRAS, PIK3Ca, BRAF

 

DNA concentration measured and adjusted to 20-50 ng/µL

1.Quantitative PCR (QPCR)

On Mx3000P PCR instrument

 

2.Sanger PCR

 

Mutations in EGFR, KRAS, PIK3Ca, BRAF

 

Tests cover 63 hotspot mutations

 

76 mutations were discovered from 68 samples; no mutations found in the remaining 70 samples

 

Diagnostic accuracy

NGS, using Sanger as reference test

Sensitivity 100%

Specificity 82.2%

 

NB Sanger PCR missed mutations that were found with NGS

NGS, using QPCR as reference test

Sensitivity=93.8%

Specificity=97.2%

Selection patients unclear

Hinrichs 2015

 

The Netherlands

Data from biobank

25 NSCLC samples selected from biobank based on KRAS and EGFR mutations detected in routine diagnostics (HRM prescreening in combination with Sanger sequencing was used)

 

NGS-IonT Platforms

 

-NGS-454

 

-NGS-IonT

 

Amount of DNA not reported

PCR

 

As a reference method, HRM prescreening in combination with Sanger sequencing was used

 

Control tests:

-cobas z 480 analyzer (cobas; Roche Diagnostics)

 

-Rotor-Gene Q (RotorG; QIAGEN)

 

mutations in exons 2 and 3 of the KRAS gene and exons 19, 20, and 21 of the EGFR gene

 

The cobas KRAS assay detects 19 KRAS mutations

in codons 12, 13, and 61, and the EGFR assay detects 41 mutations in exons 18, 19, 20, and 21 of the EGFR gene.

Failed tests

Due to technical problems, 5 samples were not successfully analysed for KRAS mutation by the NGS-454 (5/25=20%)

4 samples were not successfully analysed for EGFR mutation by the NGS-454 (4/25=16%)

 

Diagnostic accuracy

All 14 KRAS mutations originally detected by the standard method were detected by cobas, RotorG, and NGS-IonT platforms

 

All six clinically relevant EGFR mutations originally detected by the standard were detected by all platforms.

 

Samples with known mutations

 

NB Costs for Combined KRAS and EGFR Mutation Analysis on Different Platforms reported

Iwama 2017

 

Japan

observational

patients

with advanced lung adenocarcinoma positive for EGFR

activating mutations

 

circulating

cell-free DNA

 

Plasma samples were collected before and during (4 and 24 weeks) afatinib treatment as well as at

disease progression.

 

Tumor and plasma DNA were available for 32 patients

 

Blood samples (14 ml)

NGS

 

Ion AmpliSeq Colon and Lung Cancer Panel v2 (Life Technologies, Carlsbad,

CA)

PCR

 

Therascreen EGFR RGQ PCR Kit (Qiagen KK)

Detected EGFR activating mutations in baseline cfDNA samples

dPCR: 81.3%

NSG: 71.9%

In 27 (84.4%) of 32 patients, dPCR and NGS yielded

concordant results

 

A total of 45 somatic mutations was identified in baseline tumor DNA: EGFR in 32 (100%) patients, TP53 in 11 (34.4%) patients, CTNNB1 in 2 (6.3%) patients

 

30 (66.7%) of these mutations were identified in cfDNA by NGS

 

 

Andere vraagstelling (P=mutatie aanwezig)

 

Aim: to investigate the usefulness of liquid biopsy testing during treatment of lung adenocarcinoma patients with afatinib

Jing 2018

 

China

Observational study

Non-small lung tumor tissues from 112 patients; DNA from FFPE tissue

 

86 FFPE specimens,

26 fresh resection specimens, 13 fine needle aspiration specimens and 4 pleural effusion specimens

 

NGS

 

The Lung panel (including BRAF, EGFR, KRAS, NRAS, PIK3CA, Her-2 and TP53) on Iontorrent system

 

15 ng of DNA was used

 

The threshold of mutation frequency for mutation was 1%.

1. Sanger

 

PCR was performed in a PCR Amplifier (Biometra, GmbH, Göttingen, Germany) for Sanger sequencing. Primers used for exon 18‑21 of EGFR

 

 

2. ddPCR

Genotypes with L858R, exon 19 deletion, T790M or G719S were conducted by ddPCR

 

Failed tests

17 specimens failed to pass quality control (; 112 specimens were successful submitted to NGS

 

Diagnostic accuracy

Compared to Sanger sequencing, NGS assays for detecting EGFR mutation

Sensitivity: 0.952 (0.842 to 0.987)

specificity: 0.771 (0.66 to 0.854)

 

compared to ddPCR:

sensitivity: 0.958 (0.86 to 0.988)

specificity: 0.981 (0.901 to 0.997)

The ability to detect EGFR mutations (not multiple mutations)

Legras 2018

 

France

Observational;

 

data of 2 years experience in routine molecular testing;

 

data prospectively registered

1343 FFPE

Consecutive samples of NSCLC addressed to laboratory for molecular diagnosis, cIIIB or cIV NSCLC with

treatment intent

 

histological type:

59% adenocarcinomas

22% unknown

 

% OF TUMOR CELLS

0: n= 7 (0.5%)

<20: n= 123 (9%)

20-50: n=457 (34%)

>50: n= 486 (36%)

Unknown: n=270 (20%)

 

NGS

 

a dedicated panel of 92 amplicons (Ion AmpliSeq Colon-Lung Cancer Research Panel version 2)

 

covering >500 hotspot

mutations in KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, AKT1,

ERBB2, PTEN, NRAS, STK11, MAP2K1, ALK, DDR2,

CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBXW7, fibroblast growth factor receptor 3 (FGFR3), NOTCH1, ERBB4, FGFR1, and FGFR2

 

Mutated genes were classified in different groups to facilitate NGS interpretation: validated oncogenic drivers (VODs; EGFR, KRAS, BRAF p.Val600 or p.Lys601, NRAS, and MET exon 14) and potential oncogenic drivers (PODs)

 

Using 30 ng whenever possible

PCR

 

competitive allele-specific TaqMan technology using TaqMan mutation assays for EGFR and TaqMan probes for KRAS

Among the 1343 consecutive samples, 64 were only assessed by NGS. Data comparisons are based on 1279 samples.

 

failed tests

TaqMan EGFR results were not contributory for 67 cases (5.3%).

Taqman KRAS results were not contributory for 75 cases (5.9%).

NGS results were not contributory for 75 cases (5.5%).

 

Diagnostic accuracy

Sens / spec: see Table 3 Concordance Tables

- EGFR mutations

TaqMan assays identified 190 EGFR mutations versus 230 using NGS.

Among the EGFR mutations exclusively detected by

NGS, there were 40 rare EGFR mutations that were not screened

by TaqMan probes and 4 real false-negative mutations

 

sens 1.0, 95%CI (0.979 to 1)

spec: 0.956, 95%CI (0.941 to 0.967)

 

- KRAS mutations

TaqMan assays identified 302 KRAS mutations versus 364 using NGS. All KRAS mutations detected with TaqMan probes were also detected by NGS.

 

The KRAS mutations missed by TaqMan probes, 58 were

rare KRAS mutations and 9 were real false-negative mutations

 

sens. 1.0. 95%CI (0.987 to 1)

spec. 0.923, 95%CI (0.904 to 0.939)

Low DNA concentration

was related to NGS failure

Liu 2018

Observational study

A total of 30 malignant pleural effusion and matched-biopsy

specimens with a documented EGFR/KRAS/ALK mutation

were available for testing

 

Tumor cell % (pleura effusion specimen)

1–5: n=7 (23.3%)

6–10: n=10 (33.3%)

11–15: n= 5 (16.7%)

16–20: n= 8 (26.7%)

NGS (pleural effusion)

 

using Ion Proton sequencers (Thermo Fisher, Waltham, MA, USA). A clinically validated

bioinformatics pipeline named “Otype” was used to detect clinically relevant genomic alterations in 9 genes (EGFR, KRAS, PIK3CA, BRAF, MET, RBB2, ALK, ROS1, and RET).

 

DNA libraries were pooled by mixing 200 ng DNA from each library.

 

Multiplexed hybrid capture libraries were

pooled proportionally and were then sequenced to >200× average unique coverage

ARMS PCR (biopsy)

 

Mutations of EML4-ALK, EGFR, and KRAS were analyzed using commercially available kits from Amoy Diagnostics (Xiamen, China), based on the ARMS real time PCR technology.

 

The EGFR kit detects 29 mutations in exons 18-21

The KRAS kit detects seven mutations

The EML4-ALK kit detects nine fusions

 

detection limit for mutations in EGFR and KRAS ranges

from 1% to 2.5%.

 

Twenty-two (73.3%) of the 30 thoracic biopsy specimens harbored EGFR mutations

 

concordance rate between gene status identified by ARMS analysis and NGS in thoracic biopsy and pleural

effusion samples was 86.7% (26/30)

 

diagnostic performance of pleural effusion specimens (NGS), in EGFR/KRAS/ALK mutations, reference=thoracic biopsy specimens (ARMS)

sensitivity of 92.3%, 95%CI (0.759 to 0.979)

specificity of 50.0%, 95%CI (0.15 to 0.85)

positive predictive value of 92.3%

Sens / spec: the diagnostic performance of pleural effusion compared with the

thoracic biopsy specimens,

 

Authors’ conclusion: pleural effusions are suitable specimens for oncogene mutation analysis

Mehrad 2018

 

USA

Observational study

57 including 46 adenocarcinomas and NSCLCs,

not otherwise specified; 7 squamous cell carcinomas

(SCCs); and 4 large cell neuroendocrine carcinomas

 

From surgery (n=3), Metastasectomy (n=3), biopsy (n=5), fine needle biopsy (n=31) and cytology (n=15)

NGS

 

a 50-gene Ion AmpliSeq Cancer Panel.

 

10ng of DNA amplified

Tissues had been initially tested for the 8-gene panel composed of DNA Sanger sequencing for EGFR, KRAS, PIK3CA, and

BRAF and fluorescence in situ hybridization for ALK,

ROS1, MET, and RET.

Diagnostic accuracy

“genomic alterations”

 

29 cases were wild type and 17 had genomic alterations by the non-NGS 8-gene panel.

 

Only 1 of 29 wild-type cases (1 of 29, 3.4%) showed no genomic alterations by hot-spot–targeted Ion AmpliSeq Cancer Panel.

 

Seventeen of 46 adenocarcinomas (17 of 46, 37%) with

genomic alterations identified by non-NGS gene panel (10

EGFR and 7 KRAS mutations) were subjected to Ion

AmpliSeq Cancer Panel at the treating physician’s request

to identify additional potentially actionable genomic alterations. all 17 cases showed concordant results with Sanger sequencing.

 

Sensitivity: 100%, 95%CI (0.816 to 1)

Specificity: unknown

 

Failed tests:

No data

Authors conclusion: in advanced lung

adenocarcinoma and NSCLC, NOS cases deemed to be wild

type by single-gene assays, testing for a larger gene panel by

Ion AmpliSeq Cancer Panel would result in the identification

of actionable gene alteration in nearly an additional one-third of patients.

 

NGS: only in 17 patients with alterations

Tuononen 2013

 

Finland

observational

81 FFPE samples NSLC tumors

 

All patients had indication for EGFR mutation testing

 

91.4% adenocarcinomas

NGS for screening of EGFR, KRAS and BRAF mutations

 

192 lung cancer-related genes selected for target enrichment. Baits were designed with e-array (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) to capture all exons, 30UTR and 50UTR regions of all the genes including BRAF, EGFR, and KRAS.

 

sequencing was

performed on Illumina

HISeq2000 sequencer

 

Isolated DNA (2–3 µg)

Real time PCR

 

-TheraScreen EGFR PCR Kit

-TheraScreen KRAS PCR Kit

-AmoyDx BRAF V600E Mutations detection kit

 

samples discordant between targeted NGS and real-time PCR were selected for Sanger sequencing. Sanger sequencing was performed on nine tumor samples and corresponding normal tissue samples

 

Failed tests

N=3 cases insufficient data DNA to perform KRAS and BRAF mutation analysis (PCR)

 

N=0 cases failed NGS

 

Diagnostic accuracy

% concordance

EGFR: 96.3%

KRAS 98.7%

BRAF 100%

 

NGS versus real time PCR

 

EGFR:

Sens:15/18=0.833, 95% CI (0.608 to 0.942)

Spec: 63/63, =1, 95%CI (0.943 to 1)

 

KRAS

Sens:24/25= 0.96, (0.805 to 0.993)

Spec: 53/53 = 1, (0.932 to 1)

 

BRAF

Sens:0/0 (not calculated)

Spec: 78/78= 1, (0.953 to 1)

 

Xu 2016

 

China

Observational study

Lung tumor tissue samples from 188 consecutive patients who underwent radical surgical resection of primary lung cancer; NSCLC

 

between 10 March 2015 and 22 April 2015

 

FFPE specimens, slides with ≥10% tumor tissues were used for molecular testing.

NGS

 

NextDaySeq Lung panel on Ion TorrentTM PGM

 

mutation profiling of EGFR, KRAS, BRAF and PIK3CA.

 

 

slides with ≥10% tumor tissue were used for molecular testing

 

The cut-off of mutation frequency for mutation calling was 1% and that of mutation reads was 5

qPCR

 

Mutation status of EGFR, KRAS, PIK3CA and BRAF

 

using the Human EGFR Gene Mutations

Detection Kit, Human KRAS Gene Mutations Detection Kit, Human PIK3CA Gene Mutations Detection Kit, and Human BRAF Gene Mutations Detection Kit

Out of 188 patients, 109 patients (58%) carried alterations identified by NGS or PCR, including 99 patients

(53%) with single mutation, and 10 patients (5%) with

double mutations

 

109 patients (58%) carried alterations:

EGFR (93 cases, 78%)

KRAS in 17 (14%)

BRAF in 4 (3%)

PIK3CA in 6 (5%)

 

Data n=179 used for calculations diagnostic accuracy

 

NGS versus qPCR

93.3% concordance of reportable variants mutually covered in both NGS and qPCR

 

Sensitivity 89/99 = 0.899, 95%CI (0.824 to 0.944)

specificity 78/80= 0.975, 95%CI (0.913 to 0.993)

 

all 30 discordant alterations were subjected to manual

bioinformatics reanalysis

authors report no conflicts of interest

 

blinded comparisons

Zugazagoitia 2018

 

Spain

Observational study

consecutive

advanced-stage

NSCLC patients

received into the Medical Oncology Department from December

2014 to January 2016

 

109 advanced NSCLC patients

 

Most samples from tumor biopsies

 

most patients were former or current male smokers with stage IV

pulmonary adenocarcinomas.

 

51.4% treatment naïve

 

Amount DNA

10 ng n=79

<10 ng: n=30

next-generation DNA

sequencing

 

The Ion Ampliseq

Colon and Lung Cancer Research Panel v2

 

detection of more

than 500 mutational hot spots in 22 genes involved in lung cancer

tumorigenesis.

 

10 ng of sample DNA on 6 mL per library. in cases when these DNA requirements were not

obtained (<10 ng and/or <1.67 ng/mL), these DNA samples were not further concentrated, and were also subjected to NGS.

single-gene testing before or in parallel to NGS:

 

genotyped for EGFR activating mutations (Cobas EGFR Mutation Test v2 CE-IVD; Roche Molecular Diagnostics), ALK rearrangements (immunohis

tochemistry (IHC), anti-ALK (D5F3) rabbit monoclonal antibody; Ventana), and ROS1 rearrangements (IHC, anti-ROS1

 

n = 92

 

 

Prevalences:

According to single-gene test results

EGFR: 11 patients (12%)

ALK:2 of 85 (2%)

ROS1: 2 of 75 (3%),

 

Failed tests

I: 109 submitted for NGS, n=14 failed (13%); 11 (79%) were because of preanalytical reasons (7 samples had insufficient tumor tissue, 4 samples had poor DNA quality), and 3 (21%) were because of analytical reasons

 

C: EGFR testing: 5 samples yielding noninformative result;

n=7 samples: insufficient tissue for either ALK and

ROS1 IHC; 10 samples had insufficient tissue for ROS1 IHC

 

75 tumors were fully tested for EGFR, ALK, and ROS1 (IHC) and (“full genotyping cohort”); 6 patients yielded final unsuccessful NGS results because of insufficient tumor tissue, thus a total of 69 of 92 samples (75%) sufficient tissue to complete ALK and ROS1 IHC as well as NGS.

 

Diagnostic accuracy:

Not reported; results only plotted in a figure (impossible to reconstruct sensitivity and specificity)

The median total turnaround time, defined as the time interval between the date the patients signed the

 

informed consent until the date they obtained their tumor NGS results, was 34 days (range, 7-97 days).

 

Authors’ conclusion: The combination of IHC tests for ALK and ROS1 and amplicon-based NGS is applicable in routine clinical practice

 

 

 

Tabel Exclusie na het lezen van het volledige artikel

Auteur en jaartal

Redenen van exclusie

Barlesi 2016

Not relevant for PICO

Carter 2017

Not relevant for PICO

Hagemann 2015

No comparison with non-multiplex testing

Li 2018

Not relevant for PICO

McCourt 2013

No relevant outcome measures; results were qualitative reported

Moore 2018

No comparison with non-multiplex testing

Tafe 2016

No comparison with non-multiplex testing

Vanni 2015

Not relevant for PICO

Velizheva 2018

Not relevant for PICO

Autorisatiedatum en geldigheid

Laatst beoordeeld  : 07-07-2020

Laatst geautoriseerd  : 07-07-2020

Bij het opstellen van de modules heeft de werkgroep een inschatting gemaakt over de maximale termijn waarop herbeoordeling moet plaatsvinden en eventuele aandachtspunten geformuleerd die van belang zijn bij een toekomstige herziening (update). De geldigheid van de richtlijnmodule komt eerder te vervallen indien nieuwe ontwikkelingen aanleiding zijn een herzieningstraject te starten. De geldigheid is per module weergegeven.

 

Module

Regiehouder(s)

Jaar van autorisatie

Eerstvolgende beoordeling actualiteit richtlijn

Frequentie van beoordeling op actualiteit

Wie houdt er toezicht op actualiteit

Relevante factoren voor wijzigingen in aanbeveling

Predictief testen

NVVP

2020

2021

jaarlijks

NVVP

nieuwe technologie

Initiatief en autorisatie

Initiatief:
  • Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose
Geautoriseerd door:
  • Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose
  • Nederlandse Vereniging voor Heelkunde
  • Nederlandse Vereniging voor Nucleaire geneeskunde
  • Nederlandse Vereniging voor Pathologie
  • Nederlandse Vereniging voor Radiologie
  • Nederlandse Vereniging voor Radiotherapie en Oncologie
  • Nederlandse Vereniging voor Thoraxchirurgie

Algemene gegevens

De richtlijnontwikkeling werd ondersteund door het Kennisinstituut van de Federatie Medisch Specialisten en werd gefinancierd uit de Stichting Kwaliteitsgelden Medisch Specialisten (SKMS). De financierder heeft geen enkele invloed gehad op de inhoud van de richtlijn.

Samenstelling werkgroep

Werkgroep

  • Dr. I. Bahce, longarts, Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose
  • Drs. N.J.M Claessens, longarts, Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose
  • Prof. dr. E.F.I. Comans, Nucleaire geneeskundige, Nederlandse Vereniging voor Nucleaire Geneeskunde
  • Dr. W.A. Draaisma, chirurg, Nederlandse Vereniging voor Heelkunde (tot 1 december 2018)
  • Dr. W.H. van Geffen, longarts, Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose
  • Dr. K.J. Hartemink, chirurg, Nederlandse Vereniging voor Heelkunde (vanaf 1 december 2018)
  • Dr. L.E.L. Hendriks, longarts, Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose
  • Prof. dr. D. de Ruysscher, Radiotherapeut, Nederlandse Vereniging voor Radiotherapie en Oncologie
  • Dr. C. Schaefer-Prokop, radioloog, Nederlandse Vereniging voor Radiologie
  • Dr. J.H. Schouwink, longarts, Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose (voorzitter)
  • Prof. dr. E.M.D. Schuuring, Klinisch Moleculair Bioloog in de Pathologie, Nederlandse Vereniging voor Pathologie
  • Dr. E. Thunnissen, patholoog, Nederlandse Vereniging voor Pathologie
  • Dr. J.H. von der Thüsen, patholoog, Nederlandse Vereniging voor Pathologie
  • Prof. A.F.T.M. Verhagen, cardio-thoracaal chirurg Nederlandse Vereniging voor Thoraxchirurgie
  • Dr. A.J. van der Wekken, longarts, Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose (vice-voorzitter)

 

Met ondersteuning van

  • Dr. M. Moret-Hartman, senior adviseur, Kennisinstituut van de Federatie Medisch Specialisten
  • Dr. S.N. Hofstede, senior adviseur, Kennisinstituut van de Federatie Medische Specialisten

Belangenverklaringen

De KNMG-code ter voorkoming van oneigenlijke beïnvloeding door belangenverstrengeling is gevolgd. Alle werkgroepleden hebben schriftelijk verklaard of zij in de laatste drie jaar directe financiële belangen (betrekking bij een commercieel bedrijf, persoonlijke financiële belangen, onderzoeksfinanciering) of indirecte belangen (persoonlijke relaties, reputatiemanagement, kennisvalorisatie) hebben gehad. Een overzicht van de belangen van werkgroepleden en het oordeel over het omgaan met eventuele belangen vindt u in tabel met gemelde belangen in de bijlage. De ondertekende belangenverklaringen zijn op te vragen bij het secretariaat van het Kennisinstituut van de Federatie Medisch Specialisten.

 

Gezien een substantieel aantal van de werkgroepleden functies of werkzaamheden heeft die een mogelijke verstrengeling van belangen met zich meebrengen, zijn een aantal afspraken gemaakt over de werkwijze. Besproken is of het mogelijk was de deelname aan adviesraden voor de farmaceutische industrie stop te zetten gedurende de looptijd van het project. Dit werd echter onhaalbaar geacht, omdat de informatie uit de bijeenkomsten voor hen belangrijk werd geacht voor goede patiëntenzorg waarbij recente ontwikkelingen worden meegenomen. Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, bleek het onhaalbaar om tijdens het bespreken van aanbevelingen de werkgroepleden met mogelijke belangen te vragen de zaal te verlaten, omdat er dan slechts een klein aantal werkgroepleden zou overblijven. Daarom is besloten om overwegingen en aanbevelingen te formuleren tijdens een vergadering met de gehele werkgroep. De adviseurs hebben kritisch meegekeken bij de definitieve selectie van abstracts. Tot slot is een nieuwe voorzitter gezocht die geen bezwaar had tegen het opschorten van werkzaamheden voor de farmaceutische industrie gedurende de looptijd van het richtlijnproject. De oorspronkelijk beoogde voorzitter is als vice-voorzitter benoemd.

 

Werkgroeplid

Functie

Nevenfuncties

Gemelde belangen

Ondernomen actie

Bahce

longarts

geen

Participeert incidenteel en op uitnodiging in adviesraden en nascholingen bij diverse farmaceutische bedrijven, te weten Boehringer Ingelheim, AstraZeneca, BMS, Roche.

 

voert als hoofdonderzoeker investigator-initiated onderzoek uit met sponsoring van Boehringer Ingeleheim (18F-Afatinib-PET) en AstraZeneca (89Zr-durvalumab-PET)

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Hendriks

longarts

t/m 31/10/18 postdoc lnstitut Gustave Roussy, Villejuif, Frankrijk

bezig om een studie op te zetten die veranderingen neurocognitie na cerebrale bestraling concurrent met een tyrosine kinase inhibitor bij niet-kleincellig longkanker patiënten onderzoekt. We zijn bezig funding te zoeken, bedoeling is geld vanuit de industrie te krijgen: voor iedere TKI hebben we de betreffende firma benaderd (industrie heeft geen invloed op het studieprotocol of de analyse/publicatie van de resultaten)

 

subsidie bij de industrie aangevraagd om psychische belasting te onderzoeken bij patiënten die weten dat ze (asymptomatische) hersenmetastasen hebben. Roche heeft een grant toegezegd

 

funding gekregen van Roche om vermoeidheid na prophylactische schedelbestraling bij SCLC patiënten te onderzoeken (geen bemoeienis met protocol, analyse of publiceren van de resultaten)

 

neemt af en toe deel aan adviesraad van SMS

(nivolumab) en Soehringer lngelheim (afatinib), betaald (instituut); van meerdere industrieen (Pfizer, Amgen, Soehringer lngelheim) in 2016 financhiele support gekregen voor drukken proefschrift (hersenmetastasen bij longkanker). Voor Astra Zeneca een stukje over mijn proefschrift voor hun website geschreven; voor SMS heb ik een voordracht gehouden. Van Roche, SMS, MSD en AstraZeneca financiele compensatie gekregen voor het houden van lezingen over longkanker

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Comans

Nucleaire geneeskundige

geen

geen

geen

Draaisma

chirurg

geen

geen

geen

Van Geffen

longarts

Editorial board Cochrane Airways: Onbetaald

 

Commisie Bronkhorst Nvalt: Onbetaald

 

Deelname aan een investigator initiated onderzoek naar COPD firma Novartis. Financiering is overgemaakt aan UMCG; Voor de bedrijven Chiesi, Boehringer en AstraZeneca deelname aan adviesraden. De hiervoor gebruikelijke CGR vergoeding wordt geweigerd. Reiskosten worden wel vergoed.

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Hartemink

chirurg

"Faculty NVALT cursus oncologie voor de longarts

Bestuurslid tumorwerkgroep thoracale oncologie AvL

commissielid "Kwaliteit" longchirurgijn Nederland

Specialisten adviesraad longkanker Nederland

Commissielid Wetenschap DLCA-S

Bestuurslid PLCRG (research longkanker)"

Diverse studies die de rol van neo adjuvante immunotherapie bij stadium I, II en III NSCLC onderzoeken

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Claessens

longarts

Lid sectie oncologie NVALT - onbetaald

Incidenteel adviesraad Astra Zeneca - betaald

Gelegenheidsredacteur iPulmonologist - betaald

Bestuurslid Holland-Stellenbosch Medical Foundation - onbetaald

Binnen ons ziekenhuis nemen wij deel en hebben wij deelgenomen aan verscheidende industrie-gedreven klinische trials, onder andere van Astra Zeneca, MSD, BMS, Eli-Lilly en regeneron. Hierbij bestond er onzerzijds geen persoonlijk financieel belang.

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

De Ruysscher

radiotherapeut-oncoloog

Hoogleraar Radiotherapie-Oncologie KU Leuven, België. Betaald.

Onderzoek gefinancierd door Bristol-Myers-Squibb (principal investigator).

 

Advisory board van Bristol-Myers-Squibb, Roche/ Genentech, Merck/ Pfizer, Astra-Zeneca, Celgene. (betaald aan Maastro clinic)

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Schaefer-Prokop

radioloog

 

geen

geen

Schouwink

longarts

Voorzitter bestuur Emil starkenstein Stichting, onbezoldigd

Hij heeft in het verleden (2015, 2016) tweemaal deelgenomen aan een adviesraad.

Afgesproken om gedurende het project deelname aan adviesraden stop te zetten.

Schuuring

Klinisch Moleculair Bioloog in de Pathologie

"Adviseur/KMBP voor Moleculaire Pathologie voor de Stichting Pathologie Friesland in Leeuwarden (onbetaald)

 

Adviseur/KMBP voor Moleculaire Pathologie voor Martini Ziekenhuis te Groningen en Pathologie SSZOG/OZG in Winschoten (onbetaald)

 

Adviseur/KMBP voor Moleculaire Pathologie voor Treant Zorggroep Bethesda ziekenhuis in Hoogeveen (onbetaald)

 

Adviseur/KMBP voor Moleculaire Pathologie voor Pathologie van Isala in Zwolle (onbetaald)

 

Bestuurslid van de NVVP (Nederlandse Vereniging voor Pathologie) (onbetaald)

 

Bestuurslid/voorzitter van de NVVP-sectie Klinische Moleculaire Experimentele Pathologie (onbetaald)

 

Lid stuurgroep ZONMW-PATH: “Optimising Access to Personalised Cancer Therapy in the Netherlands; from Tissue to Therapy” (www.netwerk-path) (onbetaald)

 

Scientific Advisory Board. ESP-Quality Control committee (onbetaald)"

Adviseur/consultant met betrekking tot (moleculaire) diagnostiek voor longkanker (en andere maligniteiten) voor de firma's AstraZeneca, Roche, Pfizer, Novartis, BMS, BioRad, Amgen, BioCartis (honoraria komen op een rekening op UMCG)

 

Adviseur/scientific expert voor organisatie van (inter)nationale ringstudies voor weefsel en plasma tbv diagnostiek van longkanker (External Quality Assessment) voor de European Society of Pathology (ESP) en overkoepelende IQNPATH

 

lezingen, onderwijs, nascholing op het gebied van de moleculaire pathologie van longkanker deels tegen vergoeding van firma zoals AstraZeneca, Roche, Pfizer, Novartis, BioRad, BioCartis (honoraria komen op een rekening op UMCG)

 

financiële ondersteuning voor onderzoek ontvangen van (als PI verantwoordelijk voor een workpackage (onderdeel) van het project)

-Boehringer Ingelheim FGFR1 study /

The NVALT-17 Study

- Roche, Cobas / BMS (CA209-759)

-

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Thunnissen

patholoog

histogenex, consultant long pathologie; training onder andere PD-L1. bezoldigd

Investigator initiated research Pfizer naar ALK IHC+ m+ NSCLC (principal investigator)

 

advisory board bij farmaceutische industrie in verleden (MSD, Pfizer, Clovis, BMS, AstraZeneca, Amgen, Diaceutics, Abbvie,) bezoldigd tegen standaard tarief.

 

Adviseur UKNEQAS= organisation for external quality assurance in UK (onbezoldigd)"

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Von der Thüsen

patholoog

 

deelname advisory boards:

AbbVie

BMS

MSD

Roche"

Aangezien een groot aantal werkgroepleden een potentiële verstrengeling van belangen heeft, is besloten dat het niet werkbaar is het werkgroeplid uit te sluiten als trekker of uit te sluiten bij het formuleren van overwegingen en aanbevelingen. Besloten is aanbevelingen zoveel mogelijk te formuleren tijdens een werkgroepvergadering.

Verhagen

Cardio-thoracaal chirurg

 

geen

geen

van der Wekken

longarts

 

Deelname aan eenmalige adviesraden voor: AstraZeneca, BMS, Roche, MSD, Pfizer, Boehringer-Ingelheim (geld gaat naar UMCG)

 

lectures voor AstraZeneca, Roche, BMS, Novartis, Pfizer, Boehringer-Ingelheim (geld gaat naar UMCG)

 

"Research grant voor investigator initiated study door AstraZeneca voor indicatie die niets met de huidige richtlijn ontwikkeling te maken heeft (geld gaat naar UMCG)

 

De afdeling longoncologie doet mee aan verschillende internationale onderzoeken, die betaald worden aan het UMCG door BMS, MSD, Roche, Novartis, AbbVie, Boehringer-Ingelheim, Pfizer, ARIAD (Takeda)."

In verband met gemelde belangen is gezocht naar een nieuwe voorzitter zonder potentiële verstrengeling van belangen. Van de Wekken is vice-voorzitter die onder andere vergaderingen leidt. Schouwink zal onder andere zorgvuldigheid tijdens proces van formuleren van aanbevelingen bewaken.

Moret-Hartman

adviseur richtlijnontwikkeling

-

getrouwd met praktijkhoudend huisarts

-

Hofstede

adviseur richtlijnontwikkeling

-

 

-

Inbreng patiëntenperspectief

Er is een focusgroepbijeenkomst georganiseerd om knelpunten en aandachtspunten voor goede zorg te inventariseren bij patiënten met niet-kleincellig longcarcinoom. Een verslag hiervan (zie aanverwante producten) is besproken in de werkgroep en de belangrijkste knelpunten zijn verwerkt in de module. De conceptmodules zijn tevens voor commentaar voorgelegd aan de deelnemers van de focusgroep en de patiëntenvereniging Longkanker Nederland.

Methode ontwikkeling

Consensus based

Implementatie

In de verschillende fasen van het ontwikkelproces is rekening gehouden met de implementatie van de richtlijnmodule en de praktische uitvoerbaarheid van de aanbevelingen. Daarbij is uitdrukkelijk gelet op factoren die de invoering van de module in de praktijk kunnen bevorderen of belemmeren. De implementatietabel is te vinden bij de aanverwante producten. De werkgroep heeft geen interne kwaliteitsindicatoren ontwikkeld, omdat dit proces reeds is verankerd in de kwaliteitsregistratie longkanker (https://dica.nl/).

Werkwijze

AGREE

Deze module is opgesteld conform de eisen vermeld in het rapport Medisch Specialistische Richtlijnen 2.0 van de adviescommissie Richtlijnen van de Raad Kwaliteit. Dit rapport is gebaseerd op het AGREE II instrument (Appraisal of Guidelines for Research & Evaluation II; Brouwers, 2010), dat een internationaal breed geaccepteerd instrument is. Voor een stap-voor-stap beschrijving hoe een evidence-based module tot stand komt wordt verwezen naar het stappenplan Ontwikkeling van Medisch Specialistische Richtlijnen van het Kennisinstituut van de Federatie Medisch Specialisten.

 

Knelpuntenanalyse

Uit de inventarisatie van de knelpunten door Sectie oncologie van de NVALT (SON) kwam naar voren dat er een noodzaak was voor de herziening van de richtlijn niet-kleincellig longarcinoom. Tijdens een invitational conference zijn er knelpunten aangedragen door Longkanker Nederland, de Inspectie Gezondheidszorg en Jeugd (IGJ), de Nederlandse Associatie Physician Assistants (NAPA), de Vereniging Innovatieve Geneesmiddelen (VIG) en de Nederlandse Vereniging van Ziekenhuisapothekers (NVZA). Een verslag hiervan is opgenomen onder aanverwante producten.

 

Uitgangsvraag en uitkomstmaten

Op basis van de uitkomsten van de knelpuntenanalyse is door de werkgroepleden en de adviseur een uitgangsvraag opgesteld. Vervolgens inventariseerde de werkgroep welke uitkomstmaten voor de patiënt relevant zijn, waarbij zowel naar gewenste als ongewenste effecten werd gekeken. De werkgroep waardeerde deze uitkomstmaten volgens hun relatieve belang bij de besluitvorming rondom aanbevelingen, als kritiek, belangrijk (maar niet kritiek) en onbelangrijk. Tevens definieerde de werkgroep tenminste voor de kritieke uitkomstmaten welke verschillen zij klinisch (patiënt) relevant vonden.

 

Strategie voor zoeken en selecteren van literatuur

Aan de hand van specifieke zoektermen werd gezocht naar gepubliceerde wetenschappelijke studies in (verschillende) elektronische databases. Tevens werd aanvullend gezocht naar studies aan de hand van de literatuurlijsten van de geselecteerde artikelen. In eerste instantie werd gezocht naar studies met de hoogste mate van bewijs. De werkgroepleden selecteerden de via de zoekactie gevonden artikelen op basis van vooraf opgestelde selectiecriteria. De geselecteerde artikelen werden gebruikt om de uitgangsvraag te beantwoorden. De geselecteerde databases waarin is gezocht en de gehanteerde selectiecriteria zijn te vinden in de module met desbetreffende uitgangsvraag. De zoekstrategie is opvraagbaar bij de Richtlijnendatabase, zie het tabblad ‘Zoekverantwoording’ voor verdere details.

 

Kwaliteitsbeoordeling individuele studies

Individuele studies werden systematisch beoordeeld, op basis van op voorhand opgestelde methodologische kwaliteitscriteria, om zo het risico op vertekende studieresultaten (risk of bias) te kunnen inschatten. Deze beoordelingen kunt u vinden in de Risk of Bias (RoB) tabellen. De gebruikte RoB instrumenten zijn gevalideerde instrumenten die worden aanbevolen door de Cochrane Collaboration:

  • AMSTAR - voor systematische reviews.
  • Cochrane - voor gerandomiseerd gecontroleerd onderzoek.
  • ACROBAT-NRS - voor observationeel onderzoek.
  • QUADAS II - voor diagnostisch onderzoek.

 

Samenvatten van de literatuur

De relevante onderzoeksgegevens van alle geselecteerde artikelen werden overzichtelijk weergegeven in evidencetabellen. De belangrijkste bevindingen uit de literatuur werden beschreven in de samenvatting van de literatuur. Bij voldoende studies en overeenkomstigheid (homogeniteit) tussen de studies werden de gegevens ook kwantitatief samengevat (meta-analyse) met behulp van Review Manager 5.

 

Beoordelen van de kracht van het wetenschappelijke bewijs

Voor interventievragen (vragen over therapie of screening)

De kracht van het wetenschappelijke bewijs werd bepaald volgens de GRADE-methode. GRADE staat voor ‘Grading Recommendations Assessment, Development and Evaluation’ (zie http://www.gradeworkinggroup.org/).

 

GRADE onderscheidt vier gradaties voor de kwaliteit van het wetenschappelijk bewijs: hoog, redelijk, laag en zeer laag. Deze gradaties verwijzen naar de mate van zekerheid die er bestaat over de literatuurconclusie (Schünemann, 2013).

 

GRADE

Definitie

Hoog

  • er is hoge zekerheid dat het ware effect van behandeling dichtbij het geschatte effect van behandeling ligt zoals vermeld in de literatuurconclusie;
  • het is zeer onwaarschijnlijk dat de literatuurconclusie verandert wanneer er resultaten van nieuw grootschalig onderzoek aan de literatuuranalyse worden toegevoegd.

Redelijk

  • er is redelijke zekerheid dat het ware effect van behandeling dichtbij het geschatte effect van behandeling ligt zoals vermeld in de literatuurconclusie;
  • het is mogelijk dat de conclusie verandert wanneer er resultaten van nieuw grootschalig onderzoek aan de literatuuranalyse worden toegevoegd.

Laag

  • er is lage zekerheid dat het ware effect van behandeling dichtbij het geschatte effect van behandeling ligt zoals vermeld in de literatuurconclusie;
  • er is een reële kans dat de conclusie verandert wanneer er resultaten van nieuw grootschalig onderzoek aan de literatuuranalyse worden toegevoegd.

Zeer laag

  • er is zeer lage zekerheid dat het ware effect van behandeling dichtbij het geschatte effect van behandeling ligt zoals vermeld in de literatuurconclusie;
  • de literatuurconclusie is zeer onzeker.

 

Voor vragen over diagnostische tests, schade of bijwerkingen, etiologie en prognose

De kracht van het wetenschappelijke bewijs werd bepaald volgens de GRADE-methode: GRADE-diagnostiek voor diagnostische vragen (Schünemann, 2008), en een generieke GRADE-methode voor vragen over schade of bijwerkingen, etiologie en prognose. In de gehanteerde generieke GRADE-methode werden de basisprincipes van de GRADE-methodiek toegepast: het benoemen en prioriteren van de klinisch (patiënt) relevante uitkomstmaten, een systematische review per uitkomstmaat, en een beoordeling van bewijskracht op basis van de vijf GRADE-criteria (startpunt hoog; downgraden voor risk of bias, inconsistentie, indirectheid, imprecisie, en publicatiebias).

 

Formuleren van de conclusies

Voor elke relevante uitkomstmaat werd het wetenschappelijk bewijs samengevat in een of meerdere literatuurconclusies waarbij het niveau van bewijs werd bepaald volgens de GRADE-methodiek. De werkgroepleden maakten de balans op van elke interventie (overall conclusie). Bij het opmaken van de balans werden de gunstige en ongunstige effecten voor de patiënt afgewogen. De overall bewijskracht wordt bepaald door de laagste bewijskracht gevonden bij een van de kritieke uitkomstmaten. Bij complexe besluitvorming waarin naast de conclusies uit de systematische literatuuranalyse vele aanvullende argumenten (overwegingen) een rol spelen, werd afgezien van een overall conclusie. In dat geval werden de gunstige en ongunstige effecten van de interventies samen met alle aanvullende argumenten gewogen onder het kopje 'Overwegingen'.

 

Overwegingen (van bewijs naar aanbeveling)

Om te komen tot een aanbeveling zijn naast (de kwaliteit van) het wetenschappelijke bewijs ook andere aspecten belangrijk en worden meegewogen, zoals de expertise van de werkgroepleden, de waarden en voorkeuren van de patiënt, kosten, beschikbaarheid van voorzieningen en organisatorische zaken. Deze aspecten worden, voor zover geen onderdeel van de literatuursamenvatting, vermeld en beoordeeld (gewogen) onder het kopje ‘Overwegingen’.

 

Formuleren van aanbevelingen

De aanbevelingen geven antwoord op de uitgangsvraag en zijn gebaseerd op het beschikbare wetenschappelijke bewijs en de belangrijkste overwegingen, en een weging van de gunstige en ongunstige effecten van de relevante interventies. De kracht van het wetenschappelijk bewijs en het gewicht dat door de werkgroep wordt toegekend aan de overwegingen, bepalen samen de sterkte van de aanbeveling. Conform de GRADE-methodiek sluit een lage bewijskracht van conclusies in de systematische literatuuranalyse een sterke aanbeveling niet a priori uit, en zijn bij een hoge bewijskracht ook zwakke aanbevelingen mogelijk. De sterkte van de aanbeveling wordt altijd bepaald door weging van alle relevante argumenten tezamen.

 

Randvoorwaarden (Organisatie van zorg)

Bij de ontwikkeling van de module is expliciet rekening gehouden met de organisatie van zorg: alle aspecten die randvoorwaardelijk zijn voor het verlenen van zorg (zoals coördinatie, communicatie, (financiële) middelen, menskracht en infrastructuur). Randvoorwaarden die relevant zijn voor het beantwoorden van een specifieke uitgangsvraag maken onderdeel uit van de overwegingen bij de bewuste uitgangsvraag, randvoorwaarden die van invloed zijn op de implementatie van de aanbeveling zijn opgenomen in de implementatietabel.

 

Kennislacunes

Tijdens de ontwikkeling van deze module is systematisch gezocht naar onderzoek waarvan de resultaten bijdragen aan een antwoord op de uitgangsvraag. Er is nagegaan of (aanvullend) wetenschappelijk onderzoek gewenst is om de uitgangsvraag te kunnen beantwoorden. Mocht dit bij deze module het geval zijn, dan is er een aanbeveling voor het doen van onderzoek opgenomen in de Kennislacunes. Deze zijn te vinden bij de aanverwante producten.

 

Commentaar- en autorisatiefase

De conceptmodules zijn aan de betrokken (wetenschappelijke) verenigingen, instanties en (patiënt) organisaties voorgelegd ter commentaar. De commentaren werden verzameld en besproken met de werkgroep. Naar aanleiding van de commentaren zijn de conceptmodules aangepast en definitief vastgesteld door de werkgroep. De definitieve modules zijn aan de deelnemende (wetenschappelijke) verenigingen en (patiënt) organisaties voorgelegd voor autorisatie en door hen geautoriseerd dan wel geaccordeerd. De commentaartabel is op te vragen bij het Kennisinstituut via secretariaat@kennisinstituut.nl

 

Literatuur

Brouwers MC, Kho ME, Browman GP, et al. AGREE Next Steps Consortium. AGREE II: advancing guideline development, reporting and evaluation in health care. CMAJ. 2010;182(18):E839-42. doi: 10.1503/cmaj.090449. Epub 2010 Jul 5. Review. PubMed PMID: 20603348.

Medisch Specialistische Richtlijnen 2.0 (2012). Adviescommissie Richtlijnen van de Raad Kwalitieit. https://richtlijnendatabase.nl/over_deze_site/richtlijnontwikkeling.html

Schünemann H, Brożek J, Guyatt G, et al. GRADE handbook for grading quality of evidence and strength of recommendations. Updated October 2013. The GRADE Working Group, 2013. Available from http://gdt.guidelinedevelopment.org/central_prod/_design/client/handbook/handbook.html.

Schünemann HJ, Oxman AD, Brozek J, et al. Grading quality of evidence and strength of recommendations for diagnostic tests and strategies. BMJ. 2008;336(7653):1106-10. doi: 10.1136/bmj.39500.677199.AE. Erratum in: BMJ. 2008;336(7654). doi: 10.1136/bmj.a139. PubMed PMID: 18483053.

Ontwikkeling van Medisch Specialistische Richtlijnen: stappenplan. Kennisinstituut van de Federatie Medisch Specialisten.

Zoekverantwoording

Zoekacties zijn opvraagbaar. Neem hiervoor contact op met de Richtlijnendatabase.

Volgende:
Resectabel en lokaal uitgebreid NSCLC