BRMO Acinetobacter baumannii calcoaceticus complex
Uitgangsvraag
Aanbeveling
Zie voor de resistentiebepalingen van Acinetobacter spp. de EUCAST-methodiek.
Overwegingen
Zoals al aangegeven komen de genen die leiden tot carbapenem resistentie in Acinetobacter baumannii calcoaceticus complex isolaten goed tot expressie waardoor de MICs behorend bij deze mechanismen van resistentie boven het “S”-breekpunt komen. Voor het opsporen van Acinetobacter baumannii calcoaceticus complex isolaten resistent tegen carbapenems zijn dan ook geen aangepaste screeningsbreekpunten en/of indicator antibiotica benodigd.
De gangbare EUCAST methodiek en richtlijn met betrekking tot de te hanteren breekpunten dient dan ook te worden toegepast voor interpretatie van het antibiogram. Zoals aangegeven kan het overwogen worden om genotypisch de bevindingen te confirmeren, echter hierbij dient rekening gehouden te worden, dat naast bovengenoemde OXA-genen, ook carbapenemase genen behorend tot andere klassen mee getest dienen te worden.
Onderbouwing
Achtergrond
Organismen behorend tot het Acinetobacter baumannii calcoaceticus complex zijn organismen die van nature al ongevoelig zijn voor veel gangbare antibiotica. Daarbovenop is het organisme in staat om resistentie te verwerven door opname van resistentiegenen die plasmidaal of chromosomaal gelegen kunnen zijn. In sommige gevallen kan dit leiden tot aanvullende resistentie tegen carbapenems. Meest voorkomende mechanismen resulterend in resistentie tegen carbapenem antibiotica berust op de aanwezigheid en expressie van zg. klasse D, ofwel OXA-enzymen. Behalve de aanwezigheid en expressie van de OXA-genen herbergen deze organismen additionele mechanismen van resistentie en zijn ze vaak multi-resistent en vallen daardoor onder de bestaande WIP-richtlijn.
Meeste uitbraken met Acinetobacter baumannii calcoaceticus complex isolaten zijn toe te schrijven aan OXA-23, OXA-24, OXA-58, OXA-143 en OXA-235-like enzymen (Poirel et al., 2010). De expressie van desbetreffende genen resulteert in MICs hoger dan het S-breekpunt, waardoor deze mechanismen gedetecteerd worden met de reguliere gevoeligheidsbepaling en de standaard ingestelde breekpunten. Het confirmeren van de aard van het carbapenemase-gen dient via een genotypische bepaling plaats te vinden. Immers door het ontbreken van specifieke remmers van de OXA-enzymen is een bevestiging middels fenotypische methodieken niet mogelijk. Andere confirmatie methoden, zoals de colorimetrische assays, worden dan ook niet aanbevolen omdat de gevoeligheid van deze assays niet optimaal zijn voor Acinetobacters (Simner et al., 2018; Noël et al. 2017). Acinetobacter species kunnen ook andere klasse carbapenemasen herbergen b.v. metallo beta-lactamasen (klasse B).
Referenties
- Noël A, Huang TD, Berhin C, Hoebeke M, Bouchahrouf W, Yunus S, Bogaerts P, Glupczynski Y. 2017. Comparative Evaluation of Four Phenotypic Tests for Detection of Carbapenemase-Producing Gram-Negative Bacteria. J Clin Microbiol. 55:510-518.
- Poirel L, Naas T, Nordmann P. 2010. Diversity, epidemiology, and genetics of class D β-lactamases. Antimicrob Agents Chemother. 30:409-447.
- Simner PJ, Kristie Johnson J, Brasso WB, Anderson K, Lonsway DR, Pierce VM, Bobenchik AM, Lockett ZC, Charnot-Katsikas A, Westblade LF, Yoo BB, Jenkins SG, Limbago BM, Das S, Roe-Carpenter DE. 2017. Multicenter Evaluation of the Modified Carbapenem Inactivation Method and the Carba NP for Detection of Carbapenemase-Producing Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii. J Clin Microbiol 56: e01369-17
Verantwoording
Beoordelingsdatum en geldigheid
Laatst beoordeeld : 27-07-2021
Uiterlijk in 2025 bepaalt het bestuur van de Nederlandse Vereniging voor Medische Microbiologie of deze richtlijn nog actueel is. Zo nodig wordt een nieuwe werkgroep geïnstalleerd om de richtlijn te herzien. De geldigheid van de richtlijn komt eerder te vervallen indien nieuwe ontwikkelingen aanleiding zijn een herzieningstraject te starten.
De Nederlandse Vereniging voor Medische Microbiologie is als houder van deze richtlijn de eerstverantwoordelijke voor de actualiteit van deze richtlijn. De andere aan deze richtlijn deelnemende wetenschappelijk verenigingen of gebruikers van de richtlijn delen de verantwoordelijkheid en informeren de eerstverantwoordelijke over relevante ontwikkelingen binnen hun vakgebied.
Algemene gegevens
De richtlijnontwikkeling werd ondersteund door B.S. Niël-Weise, zelfstandig richtlijnmethodoloog, en werd gefinancieerd uit de Kwaliteitsgelden Medisch Specialisten (SKMS).
De richtlijn is ontwikkeld in samenwerking met de Vereniging voor Hygiëne en Infectiepreventie in de Gezondheidszorg.
Doel en doelgroep
Doel
Het doel van het project is het herzien van de huidige richtlijn Laboratoriumdiagnostiek van BRMO die dateert uit 2012. Afgezien van het verstrijken van de reguliere termijn voor herziening zijn er nieuwe inzichten en methoden beschikbaar gekomen die de diagnostiek kunnen optimaliseren.
Doelgroep
De richtlijn is met name bedoeld voor artsen-microbioloog, deskundigen infectiepreventie, internisten-infectioloog en medisch moleculair microbiologen.
Samenstelling werkgroep
Voor het ontwikkelen van de richtlijn is in 2018 een werkgroep ingesteld, bestaande uit vertegenwoordigers van alle relevante specialismen die betrokken zijn bij de pre-analytische (afname, transport en bewaaromstandigheden) en de analytische fase van de laboratorium detectie van BRMO inclusief de rapportage naar de aanvrager danwel naar het patiëntendossier.
De werkgroepleden zijn door hun beroepsverenigingen gemandateerd voor deelname. De werkgroep werkte gedurende 2 jaar aan de totstandkoming van de richtlijn.
De werkgroep is verantwoordelijk voor de integrale tekst van deze richtlijn.
Werkgroep:
- Prof. dr. J.A.J.W. Kluytmans, arts-microbioloog, Amphia Ziekenhuis Breda/Oosterhout; Elisabeth-TweeSteden Ziekenhuis, Tilburg; Universitair Medisch Centrum Utrecht
- Drs. W. van den Bijllaardt, arts-microbioloog, Amphia Ziekenhuis Breda
- Dr. E. Bathoorn, arts-microbioloog, Universitair Medisch Centrum Groningen
- Dr. J. Cohen Stuart, arts-microbioloog, Noordwest Ziekenhuis Alkmaar
- Dr. J. J. Verweij, medisch moleculair microbioloog/parasitoloog, Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis, Tilburg
- Dr. W. H.F. Goessens, microbioloog, Erasmus MC Universitair Medisch Centrum Rotterdam
- Dr. N. al Naiemi, arts-microbioloog, Labmicta, Hengelo
- Prof. Dr. M.C. Vos, arts-microbioloog, Erasmus MC Universitair Medisch Centrum, Rotterdam
- Dr. L. van Dommelen, arts-microbioloog, PAMM, Veldhoven
- Dr. P. Croughs, arts-microbioloog, Erasmus MC Universitair Medisch Centrum, Rotterdam
- Drs. A. Klak, arts-microbioloog in opleiding, Universitair Medisch Centrum Groningen
Meelezers:
- Dr. M.K. Bomers, internist-infectioloog, Amsterdam UMC, locatie VUmc
- Mv. M. Molenaar, deskundige infectiepreventie, OLVG Amsterdam
- Mv. S. Cremers-Pijpers, deskundige infectiepreventie, Radboudumc, Nijmegen
Met ondersteuning van:
- Mw. B.S. Niël-Weise, zelfstandig richtlijnmethodoloog, Deventer
Belangenverklaringen
De werkgroepleden hebben schriftelijk verklaard of ze in de laatste vijf jaar een (financieel ondersteunde) betrekking onderhielden met commerciële bedrijven, organisaties of instellingen die in verband staan met het onderwerp van de richtlijn. Tevens is navraag gedaan naar persoonlijke financiële belangen, belangen door persoonlijke relaties, belangen d.m.v. reputatiemanagement, belangen vanwege extern gefinancieerd onderzoek, en belangen door kennisvalorisatie. De belangenverklaringen zijn op te vragen bij de Nederlandse Vereniging voor Medische Microbiologie, een overzicht vindt u hieronder:
|
Werkgroeplid |
Functie |
Nevenfuncties |
Persoonlijke financiële belangen |
Persoonlijke relaties |
Extern gefinancierd onderzoek |
Intellectuele belangen en reputatie |
Overige belangen |
|
Jan Kluytmans |
|
|
Geen |
Geen |
Subsidiegevers zijn Euopese commissie, Nederlandse overheid en provincies. Geen belangen bij deze richtlijn |
Geen |
Geen |
|
Erik Bathoorn |
Arts-microbioloog, UMCG Groningen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Wouter van den Bijllaardt |
Arts-microbioloog Amphia ziekenhuis Breda |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
James Cohen Stuart |
Arts-microbioloog Noordwest Ziekenhuisgroep |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Jaco Verweij |
Medisch moleculair microbioloog, ETZ Ziekenhuis, Tilburg |
|
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Wil Goessens |
Medisch microbioloog Erasmus Medisch Centrum Rotterdam |
Geen |
Patent: detectie van carbapenemase middels maldi-TOF |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Nashwan al Naiemi |
Arts-microbioloog LabMicTA Bestuurder LabMicTA |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Greet Vos |
Arts-microbioloog MC Rotterdam |
|
Geen |
Geen |
Unrestricted grant 3m, Pentax |
Geen |
Geen |
|
Adrian Klak |
AIOS Medische Microbiologie UMCG |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Peter Croughs |
Arts-microbioloog, Erasmus Medisch Centrum |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Laura van Dommelen |
Arts-microbioloog, Stichting PAMM te Veldhoven |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Marije Bomers |
Internist- infectioloog, Amsterdam UMC, locatie VUmc |
Geen |
Financieel belang farmaceutisch bedrijf Shionogi |
Geen |
Subsidiegevers zijn ZonMW en Amsterdam UMC corona research fonds. Geen belangen bij deze richtlijn |
Geen |
Geen |
|
Myrte Molenaar |
Deskundige Infectiepreventie OLVG Amsterdam |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
|
Suzan Cremers |
Deskundige |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Geen |
Inbreng patiëntenperspectief
Er werd aandacht besteed aan het patiëntenperspectief door in de voorbereidende fase de Patiëntenfederatie Nederland te vragen om schriftelijke input omtrent knelpunten en aandachtspunten. De Patiëntenfederatie gaf aan geen knelpunten aan te leveren vanwege het technisch karakter van de richtlijn. De werkgroep heeft de conceptrichtlijn ook tijdens de commentaarfase voorgelegd aan de Patiëntenfederatie Nederland.
Methode ontwikkeling
Evidence based
Implementatie
In de verschillende fasen van de richtlijnontwikkeling is rekening gehouden met de implementatie van de richtlijn en de praktische uitvoerbaarheid van de aanbevelingen. Daarbij is uitdrukkelijk gelet op factoren die de invoering van de richtlijn in de praktijk kunnen bevorderen of belemmeren (zie het Implementatieplan in de bijlagen).
Werkwijze
AGREE
Deze richtlijn is opgesteld conform de eisen vermeld in het rapport Medisch Specialistische Richtlijnen 2.0 van de adviescommissie Richtlijnen van de Raad Kwalitieit. Dit rapport is gebaseerd op het AGREE II instrument (Appraisal of Guidelines for Research & Evaluation II) (https://www.agreetrust.org/), dat een internationaal breed geaccepteerd instrument is en op ‘richtlijnen voor richtlijn’ voor de beoordeling van de kwaliteit van richtlijnen.
Knelpuntenanalyse
Tijdens de voorbereidende fase inventariseerden de voorzitter van de werkgroep en de adviseur welke onderwerpen moesten worden herzien. Deze werden met de werkgroep besproken. Tevens werd aan de volgende organisaties gevraagd om knelpunten aan te dragen: het Zorginstituut Nederland, Inspectie Gezondheidszorg en Jeugd, Vereniging voor Hygiëne & Infectiepreventie in de Gezondheidszorg, Patiëntenfederatie Nederland en Zorgverzekeraars Nederland.
Uitgangsvragen en uitkomstmaten
Op basis van de uitkomsten van de knelpuntenanalyse zijn door de werkgroep uitgangsvragen opgesteld. Vervolgens inventariseerde de werkgroep per uitgangsvraag welke uitkomstmaten voor de patiënt relevant waren, waarbij zowel naar gewenste als ongewenste effecten werd gekeken.
Strategie voor zoeken en selecteren van literatuur
Er werd eerst oriënterend gezocht naar relevante buitenlandse richtlijnen en naar systematische reviews. Voor (internationale) richtlijnen is gezocht in de databases van National Guideline Clearinghouse (NGC), Guidelines International Network (GIN), World Health Organisation (WHO) en Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Voor bestaande systematic reviews is gezocht in de databases Ovid Medline en Embase (zie de zoekverantwoording).
Vervolgens werd voor de afzonderlijke uitgangsvragen aan de hand van specifieke zoektermen gezocht naar gepubliceerde wetenschappelijke studies in (verschillende) elektronische databases. Tevens werd aanvullend gezocht naar studies aan de hand van de literatuurlijsten van de geselecteerde artikelen. In eerste instantie werd gezocht naar studies met de hoogste mate van bewijs. De werkgroepleden selecteerden de via de zoekactie gevonden artikelen op basis van vooraf opgestelde selectiecriteria. De geselecteerde artikelen werden gebruikt om de uitgangsvraag te beantwoorden. De databases waarin is gezocht, de zoekactie of gebruikte trefwoorden van de zoekactie en de gehanteerde selectiecriteria zijn te vinden in de module van desbetreffende uitgangsvraag.
Kwaliteitsbeoordeling individuele studies
Individuele studies werden systematisch beoordeeld op basis van op voorhand opgestelde methodologische kwaliteitscriteria, om zo het risico op vertekende studieresultaten (bias) te kunnen inschatten. Deze beoordelingen kunt u vinden in de methodologische checklijsten.
Samenvatten van de literatuur
De relevante onderzoeksgegevens van alle geselecteerde artikelen werden overzichtelijk weergegeven in evidencetabellen. De belangrijkste bevindingen uit de literatuur werden beschreven in de samenvatting van de literatuur. Bij voldoende overeenkomsten tussen de studies werden de gegevens ook kwantitatief samengevat (meta-analyse) met behulp van Review Manager 5.
Beoordelen van de kracht van het wetenschappelijke bewijs
De kwaliteit van bewijs (‘quality of evidence’) werd beoordeeld met behulp van GRADE (Guyatt et al., 2008). GRADE is een methode die per uitkomstmaat van een interventie, of voor een risico- of prognostische factor, een gradering aan de kwaliteit van bewijs toekent op basis van de mate van vertrouwen in de schatting van de effectgrootte (tabel 1 en 2).
Tabel 1 Indeling van de kwaliteit van bewijs volgens GRADE
|
Hoog |
Er is veel vertrouwen dat het werkelijke effect dicht in de buurt ligt van het geschatte effect. |
|
|
|
|
Matig |
Er is matig vertrouwen in het geschatte effect: het werkelijk effect ligt waarschijnlijk dicht bij het geschatte effect, maar er is een mogelijkheid dat het hiervan substantieel afwijkt. |
|
|
|
|
Laag |
Er is beperkt vertrouwen in het geschatte effect: het werkelijke effect kan substantieel verschillen van het geschatte effect. |
|
|
|
|
Zeer laag |
Er is weinig vertrouwen in het geschatte effect: het werkelijke effect wijkt waarschijnlijk substantieel af van het geschatte effect. |
Tabel 2 De kwaliteit van bewijs wordt bepaald op basis van de volgende criteria
|
Type bewijs |
Voor studies over interventies: RCT start in de categorie ‘hoog’. Observationele studie start in de categorie ‘laag’. Alle overige studietypen starten in de categorie ‘zeer laag’.
Voor studies over een risico- of prognostische factor: Prospectieve of retrospectieve cohortstudie start in de categorie ‘hoog’. Voor andere studieontwerpen wordt afgewaardeerd via ‘risk of bias’. |
|
|
Afwaarderen |
‘Risk of bias’ |
- 1 Ernstig - 2 Zeer ernstig |
|
|
Inconsistentie |
- 1 Ernstig - 2 Zeer ernstig |
|
|
Indirect bewijs |
- 1 Ernstig - 2 Zeer ernstig |
|
|
Onnauwkeurigheid |
- 1 Ernstig - 2 Zeer ernstig |
|
|
Publicatiebias |
- 1 Waarschijnlijk - 2 Zeer waarschijnlijk |
|
Opwaarderen |
Groot effect |
+ 1 Groot + 2 Zeer groot |
|
|
Dosis-respons relatie |
+ 1 Bewijs voor gradiënt |
|
|
Alle plausibele ‘confounding’ |
+ 1 zou een effect kunnen reduceren + 1 zou een tegengesteld effect kunnen suggereren terwijl de resultaten geen effect laten zien. |
Formuleren van de conclusies
Een conclusie verwijst niet naar één of meer artikelen, maar wordt getrokken op basis van alle studies samen (body of evidence).
Overwegingen
Voor het komen tot een aanbeveling zijn naast de kwaliteit van het wetenschappelijk bewijs over de gewenste en ongewenste effecten van een interventie, of over de effectgrootte van een risico- of prognostische factor, vaak ook nog andere factoren van belang (Alonso-Coello et al., 2016).
Genoemd kunnen worden:
- kosten,
- waarden, voorkeuren en ervaringen van patiënten en behandelaars met betrekking tot interventies en uitkomsten van zorg,
- balans van gewenste en ongewenste effecten van interventies ten opzichte van geen of andere interventies,
- aanvaardbaarheid van interventies,
- haalbaarheid van een aanbeveling.
Bij voorkeur wordt ook voor deze aspecten naar wetenschappelijk bewijs gezocht. De werkgroep die deze richtlijn heeft opgesteld, heeft hiervan afgezien omdat de hiervoor benodigde tijd in geen enkele verhouding zou staan tot de verwachte opbrengst. De werkgroep heeft, daar waar dit noodzakelijk werd geacht, op basis van eigen ervaring en expertise de hiervoor genoemde aspecten geïnventariseerd.
Deze aspecten worden besproken na de ‘conclusie’ onder het kopje ‘overwegingen’.
Formuleren van aanbevelingen
De aanbevelingen geven een antwoord op de uitgangsvraag en zijn gebaseerd op het beste beschikbare wetenschappelijke bewijs en de belangrijkste overwegingen. De kracht van het wetenschappelijk bewijs en het gewicht dat door de werkgroep wordt toegekend aan de overwegingen bepalen samen de sterkte van de aanbeveling. Conform de GRADE-methodiek sluit een lage bewijskracht van conclusies in de systematische literatuuranalyse een sterke aanbeveling niet uit, en zijn bij een hoge bewijskracht ook zwakke aanbevelingen mogelijk. Dit is afhankelijk van het gewicht dat wordt toegekend aan kosten, gewenste of ongewenste effecten en andere onder de overwegingen genoemde factoren.
Kennislacunes
Tijdens de ontwikkeling van deze richtlijn is systematisch gezocht naar onderzoek waarvan de resultaten bijdragen aan een antwoord op de uitgangsvragen. Bij elke uitgangsvraag is door de werkgroep nagegaan of er (aanvullend) wetenschappelijk onderzoek gewenst is. Een overzicht van aanbevelingen voor nader/vervolg onderzoek staat in de bijlage Kennislacunes.
Commentaar- en autorisatiefase
De conceptrichtlijn is aan de betrokken (wetenschappelijke) verenigingen voorgelegd voor commentaar. Tevens is de richtlijn voorgelegd aan de organisaties die ook tijdens de knelpuntanalyse betrokken waren. De commentaren werden verzameld en besproken met de werkgroep. Naar aanleiding van de commentaren werd de conceptrichtlijn aangepast en definitief vastgesteld door de werkgroep. De definitieve richtlijn werd aan de betrokken (wetenschappelijke) verenigingen voorgelegd voor autorisatie en door hen geautoriseerd.
Literatuurlijst
- Alonso-Coello P, Oxman AD, Moberg J, Brignardello-Petersen R, Akl EA, Davoli M, Treweek S, Mustafa RA, Vandvik PO, Meerpohl J, Guyatt GH, Schünemann HJ; GRADE Working Group. GRADE Evidence to Decision (EtD) frameworks: a systematic and transparent approach to making well informed healthcare choices. 2: Clinical practice guidelines. BMJ. 2016 Jun 30;353:i2089.
- Guyatt et al., 2008Guyatt GH, Oxman AD, Vist GE, Kunz R, Falck-Ytter Y, Alonso-Coello P, Schünemann HJ; GRADE Working Group (2008). GRADE: an emerging consensus on rating quality of evidence and strength of recommendations. BMJ. 336: 924-6.
- Programm für Nationale VersorgungsLeitlinien von BÄK, KBV und AWMF Qualitätsindikatoren. Manual für Autoren: 6. Qualitätsindikatoren für Nationale VersorgungsLeitlinien (2009).
Zoekverantwoording
Zoekstrategie oriënterende search BRMO‘s
Database: MEDLINE <1946 to Present, updated daily>
Search Strategy:
--------------------------------------------------------------------------------
1 exp Drug Resistance, Microbial/ (151498)
2 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).tw. (32947)
3 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).kf. (4993)
4 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus/ (12348)
5 Methicillin Resistance/ (10139)
6 (mrsa or (methicillin?resistant adj3 staphylo*)).tw. (20316)
7 (mrsa or (methicillin?resistant adj3 staphylo*)).kf. (2229)
8 Enterobacteriaceae Infections/ (8995)
9 enterobacteriaceae/ or carbapenem-resistant enterobacteriaceae/ (18115)
10 Vancomycin Resistance/ (3220)
11 (vancomycin adj3 resista*).tw. (7923)
12 (vancomycin adj3 resista*).kf. (377)
13 (penicillin* adj3 resista*).tw. (8235)
14 (penicillin* adj3 resista*).kf. (194)
15 (extended adj spectrum adj3 enterobac*).tw. (290)
16 (extended adj spectrum adj3 enterobac*).kf. (2)
17 ((extended-spectrum adj3 beta-lactamase?) or ESBL?).tw. (9789)
18 ((extended-spectrum adj3 beta-lactamase?) or ESBL?).kf. (1554)
19 "Enterobacteriaceae Infections"/ (8995)
20 (17 or 18) and 19 (1298)
21 ((extended-spectrum adj3 beta-lactamase? adj8 enterobact*) or (ESBL? adj8 enterobac*)).tw. (2267)
22 ((extended-spectrum adj3 beta-lactamase? adj8 enterobact*) or (ESBL? adj8 enterobac*)).kf. (240)
23 ((carbapenem? adj3 resist*) or cre).tw. (21687)
24 ((carbapenem? adj3 resist*) or cre).kf. (1497)
25 plasma*.ti. (226444)
26 AMPC-detection.ti. (1)
27 ampc*.ti. (857)
28 25 and 27 (2)
29 *"Cyclic AMP"/ (26065)
30 25 and 29 (580)
31 1 and 30 (0)
32 1 and 27 (406)
33 from 32 keep 2 (1)
34 plasmid-mediated AmpC.tw. (341)
35 pAmpC.tw. (132)
36 plasmid-mediated AmpC.kf. (9)
37 pAmpC.kf. (19)
38 (colistin adj resistance).ti. (330)
39 limit 38 to medline (223)
40 from 39 keep 1 (1)
41 pAmpC.tw. (132)
42 Colistin/ (3656)
43 exp Quinolones/ (43947)
44 exp Aminoglycosides/ (148532)
45 ((colistin* or colimycin or colisticin or quinolon* or aminoglycos*) adj3 resis*).tw. (7816)
46 ((colistin* or colimycin or colisticin or quinolon* or aminoglycos*) adj3 resis*).kf. (409)
47 34 or 35 or 36 or 37 or 41 or 42 or 43 or 44 or 45 or 46 (195945)
48 8 or 9 (23680)
49 enterobacter*.tw. (29984)
50 enterobacter*.kf. (1828)
51 48 or 49 or 50 (43434)
52 1 or 2 or 3 or 5 or 10 or 11 or 12 or 13 or 14 or 17 or 18 or 23 or 24 (195656)
53 47 or 52 (366206)
54 51 and 53 (14319)
55 4 or 6 or 7 or 15 or 16 or 21 or 22 (26789)
56 54 or 55 (38309)
57 exp Acinetobacter/ (8615)
58 Acinetobacter Infections/ (4040)
59 Pseudomonas aeruginosa/ (39522)
60 Pseudomonas Infections/ (19292)
61 Stenotrophomonas maltophilia/ (1124)
62 Ceftazidime/ (3679)
63 Piperacillin/ (2637)
64 exp beta-Lactamases/ (21378)
65 Trimethoprim, Sulfamethoxazole Drug Combination/ (6578)
66 ((co adj trimoxazole?) or co?trimoxazole? or abactrim or biseptol or centr?n).tw. (6133)
67 ((co adj trimoxazole?) or co?trimoxazole? or abactrim or biseptol or centr?n).kf. (123)
68 (ceftazimidin* or piperacillin* or beta?lactam*).tw. (7067)
69 (ceftazimidin* or piperacillin* or beta?lactam*).kf. (228)
70 23 or 24 or 43 or 44 or 62 or 63 or 64 or 65 or 66 or 67 or 68 or 69 (245844)
71 (quinolon* or aminoglycos*).tw. (29800)
72 (quinolon* or aminoglycos*).kf. (1208)
73 70 or 71 or 72 (255821)
74 (acetobacter* or (pseudomonas adj aeruginosa) or (stenotrophomonas adj malto*)).tw. (55058)
75 (acetobacter* or (pseudomonas adj aeruginosa) or (stenotrophomonas adj malto*)).kf. (4266)
76 57 or 58 or 59 or 60 or 61 or 74 or 75 (78052)
77 73 and 76 (15512)
78 4 or 6 or 7 (24618)
79 (methicillin* adj3 resis*).tw. (27733)
80 (methicillin* adj3 resis*).kf. (1562)
81 5 or 79 or 80 (30231)
82 78 and 81 (19625)
83 8 or 9 or 15 or 16 or 49 or 50 (43434)
84 Enterococcus faecium/ (3334)
85 enterococcus.tw. (19235)
86 enterococcus.kf. (1371)
87 84 or 85 or 86 (19947)
88 10 or 11 or 12 or 13 or 14 (16533)
89 87 and 88 (4164)
90 enterobacteriace*.tw. (16034)
91 enterobacteriace*.kf. (1369)
92 8 or 9 or 90 or 91 (32809)
93 17 or 18 or 23 or 24 or 34 or 35 or 36 or 37 or 38 or 41 or 42 or 43 or 44 or 45 or 46 (224797)
94 92 and 93 (7685)
95 guideline/ or practice guideline/ (31204)
96 guideline?.ti. (68673)
97 guideline?.kf. (10714)
98 95 or 96 or 97 (92547)
99 98 (92547)
100 limit 99 to yr="2012 -Current" (37076)
101 82 and 100 (37)= mrsa guidelines
102 89 and 100 (4)enterococcus guidelines
103 94 and 100 (18) enterobacteriaceae guidelines
104 77 and 100 (7) non fermenting guidelines
105 1 or 2 or 3 or 5 (168999)
106 105 and 100 (291)
107 from 101 keep 1-2 (2)
108 from 102 keep 1-4 (4)
109 from 103 keep 1-18 (18)
110 from 104 keep 1-7 (7)
111 4 or 6 or 7 or 76 or 87 or 92 (144726)
112 106 and 111 (37)
113 101 or 102 or 103 or 104 (63)
114 112 not 113 (14)
115 from 101 keep 1-37 (37)
116 from 114 keep 1-14 (14)
117 "filter systematic reviews".ti. (0)
118 meta analysis.pt. (94442)
119 (meta-anal$ or metaanal$).af. (166624)
120 (quantitativ$ adj10 (review$ or overview$)).tw. (7866)
121 (systematic$ adj10 (review$ or overview$)).tw. (147115)
122 (methodologic$ adj10 (review$ or overview$)).tw. (10191)
123 (quantitativ$ adj10 (review$ or overview$)).kf. (46)
124 (systematic$ adj10 (review$ or overview$)).kf. (12600)
125 (methodologic$ adj10 (review$ or overview$)).kf. (56)
126 medline.tw. and review.pt. (74036)
127 (pooled adj3 analy*).tw. (16019)
128 (pooled adj3 analy*).kf. (179)
129 "cochrane$".fc_jour. (13908)
130 or/118-129 (297546)
131 130 (297546)
132 limit 131 to yr="2012 -Current" (188055)
133 82 and 132 (180)
134 exp Bacterial Typing Techniques/ (60030)
135 exp microbiological techniques/ or exp bacteriological techniques/ or exp colony count, microbial/ or exp microbial sensitivity tests/ or molecular diagnostic techniques/ or exp specimen handling/ (623382)
136 exp Culture Media/ (153301)
137 exp Culture Media/ (153301)
138 nucleic acid amplification techniques/ or exp polymerase chain reaction/ (440245)
139 mt.fs. (3460189)
140 di.fs. (2396891)
141 ip.fs. (938373)
142 mi.fs. (706420)
143 or/134-142 (7015545)
144 133 and 143 (102)
145 139 or 140 or 141 or 142 (6441113)
146 134 or 135 or 136 or 137 or 138 (1153424)
147 145 and 146 (578992)
148 133 and 147 (11)
149 Mass Screening/ (95465)
150 145 or 149 (6469862)
151 146 and 150 (580989)
152 laborator*.ti,kf. (86558)
153 ((microbial or microbiol*) adj3 (techni* or test*)).tw. (6493)
154 ((microbial or microbiol*) adj3 (techni* or test*)).kf. (130)
155 145 or 149 or 152 or 153 or 154 (6529661)
156 146 and 155 (583778)
157 133 and 156 (11)
158 133 and 155 (96)
159 exp Gram-Negative Bacterial Infections/cl, di, mi [Classification, Diagnosis, Microbiology] (146447)
160 exp Gram-Positive Bacterial Infections/cl, di, mi [Classification, Diagnosis, Microbiology] (142345)
161 159 or 160 (282969)
162 133 and 161 (53)
163 exp Electrophoresis/ (520226)
164 exp molecular sequence data/ (847101)
165 exp Bacterial Proteins/ (262743)
166 134 or 135 or 136 or 138 or 163 or 164 or 165 (2374915)
167 133 and 166 (19)
168 161 or 166 (2556882)
169 133 and 168 (66)
170 152 or 153 or 154 or 166 or 161 (2635682)
171 82 and 132 and 170 (68)= SR MRSA
172 77 and 132 and 170 (20)=SR non fermenting
173 89 and 132 and 170 (8)=SR enterococcus
174 94 and 132 and 170 (28)=SR enterobacteriacease
175 105 and 132 and 170 (265)
176 171 or 172 or 173 or 174 (117)
177 175 not 176 (224)
178 (commercial adj3 assay?).tw. (2798)
179 (growth-based adj3 assay?).tw. (29)
180 (growth-based adj3 assay?).kf. (0)
181 (commercial adj3 assay?).kf. (4)
182 (immunochromatographic adj3 assay?).tw. (866)
183 ((Phenotypic or (rapid adj2 colorimetric) or (molecular adj2 based) or (polymerase adj chain adj reaction)) adj3 method*).tw. (14092)
184 ((Antibiotic adj2 susceptibility adj2 test*) or (susceptibility adj3 pattern?) or (disc adj3 diffusion?) or (OXA-48 disk adj3 test)).tw. (11291)
185 ((Matrix-assisted laser adj2 desorption) or (ionization* adj2 spectrometr*) or (MALDI-TOF or maldi*)).tw. (43422)
186 Carrier State/ (20973)
187 (carrier adj2 state?).tw. (3553)
188 swab?.tw. (27411)
189 swab?.kf. (372)
190 (carrier adj2 state?).kf. (396)
191 (culture adj3 (site? or number? or material? or timing or transport*)).tw. (4566)
192 or/178-191 (123844)
193 (78 and 132) not 171 (168)
194 (82 and 132 and 192) not 171 (8)
195 (77 and 132 and 192) not 172 (0)
196 (89 and 132 and 192) not 173 (2)
197 (94 and 132 and 192) not 174 (0)
198 192 and 105 and 132 (42) alg testen SR
199 (170 and 105 and 132) not 198 (237)
200 exp *Drug Resistance, Microbial/ (63025)
201 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).ti. (9834)
202 *Methicillin Resistance/ (6107)
203 3 or 200 or 201 or 202 (70483)
204 199 and 203 (138)
205 exp *Bacterial Typing Techniques/ (9766)
206 exp *microbiological techniques/ or exp *bacteriological techniques/ or exp *colony count, microbial/ or exp *microbial sensitivity tests/ or *molecular diagnostic techniques/ or exp *specimen handling/ (135875)
207 exp *Culture Media/ (32065)
208 *nucleic acid amplification techniques/ or exp *polymerase chain reaction/ (55856)
209 205 or 206 or 207 or 208 (216739)
210 199 and 209 (28) alg testen met focus
Database: Embase <1974 to 2018 November 27>
Search Strategy:
--------------------------------------------------------------------------------
1 antibiotic resistance/ (139125)
2 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).tw. (41023)
3 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).kw. (10343)
4 methicillin resistant Staphylococcus aureus/ (40337)
5 (mrsa or (methicillin?resistant adj3 staphylo*)).tw. (29405)
6 (mrsa or (methicillin?resistant adj3 staphylo*)).kw. (6252)
7 (vancomycin adj3 resista*).tw. (10057)
8 (vancomycin adj3 resista*).kw. (1151)
9 ((carbapenem? adj3 resist*) or cre).tw. (35811)
10 ((carbapenem? adj3 resist*) or cre).kw. (3765)
11 (extended adj spectrum adj3 enterobac*).tw. (419)
12 (extended adj spectrum adj3 enterobac*).kw. (5)
13 extended spectrum beta lactamase/ (7520)
14 ((extended-spectrum adj3 beta-lactamase?) or ESBL?).tw. (13845)
15 ((extended-spectrum adj3 beta-lactamase?) or ESBL?).kw. (3726)
16 Enterobacteriaceae infection/ (2232)
17 16 and (13 or 14 or 15) (453)
18 Acinetobacter infection/ (2358)
19 Pseudomonas infection/ (6940)
20 (acinetobacter* adj3 infecti*).tw. (1366)
21 (acinetobacter* adj3 infecti*).kw. (42)
22 exp penicillin derivative/ (270768)
23 glycopeptide/ (9152)
24 Streptococcus pneumoniae/ (40263)
25 enterococcus faecium/ (7698)
26 (22 or 23) and (24 or 25) (15030)
27 ((vancomyc* adj5 enterococc*) or (carbapenem adj5 pneumo*)).tw. (7760)
28 ((vancomyc* adj5 enterococc*) or (carbapenem adj5 pneumo*)).kw. (833)
29 1 or 2 or 3 or 4 or 5 or 6 or 7 or 8 or 9 or 10 or 11 or 12 or 17 or 18 or 19 or 20 or 21 or 26 or 27 or 28 (238997)
30 bacterial infection/pc [Prevention] (10328)
31 bacterial infection/dr (768)
32 30 and 31 (237)
33 29 or 32 (239135)
34 exp Enterobacteriaceae/ (445115)
35 exp Enterobacteriaceae infection/ (46288)
36 1 or 2 or 3 (155450)
37 4 or 5 or 6 (48312)=MRSA
38 7 or 8 or 22 (277071)
39 (enterococcus adj2 faecium).tw. (5846)
40 (enterococcus adj2 faecium).kw. (673)
41 25 or 39 or 40 (9235)
42 (penicillin adj3 resist*).tw. (8407)
43 (penicillin adj3 resist*).kw. (396)
44 7 or 8 or 42 or 43 (18063)
45 41 and 44 (2978)= enteroc faecium + AB resistance
46 enterobacteriacea*.tw. (18845)
47 enterobacteriacea*.kw. (2295)
48 34 or 35 or 46 or 47 (472082) enterobacteriaceae
49 9 or 10 or 11 or 12 or 13 or 14 or 15 (50440)
50 (Plasmid adj mediated adj AmpC).tw. (420)
51 (Plasmid adj mediated adj AmpC).ti. (156)
52 pAmpC.tw. (153)
53 (Plasmid adj mediated adj AmpC).kw. (35)
54 pAmpC.kw. (23)
55 50 or 51 or 53 or 54 (441)
56 "beta-lactam resistance"/ (112)
57 (beta-lactam* adj2 resis*).tw. (4990)
58 (beta-lactam* adj2 resis*).kw. (185)
59 colistin/ (15370)
60 (colistin* adj3 resist*).tw. (1663)
61 (colistin* adj3 resist*).kw. (186)
62 quinolone/ or exp quinoline derivative/ (254091)
63 (quinolon* adj3 resist*).tw. (4552)
64 (quinolon* adj3 resist*).kw. (418)
65 aminoglycoside antibiotic agent/ (18061)
66 (aminoglycoside adj3 resist*).tw. (2174)
67 (aminoglycoside adj3 resist*).kw. (163)
68 49 or 55 or 56 or 57 or 58 or 59 or 60 or 61 or 62 or 63 or 64 or 65 or 66 or 67 (324539)
69 48 and 68 (48081)= enterobacteriaceae +AB resistance
70 exp Acinetobacter/ (23390)
71 Pseudomonas aeruginosa/ (86886)
72 Pseudomonas infection/ (6940)
73 Acinetobacter infection/ (2358)
74 Stenotrophomonas maltophilia/ (4964)
75 (acinetobacter* or pseudomonas or stenotrophomonas).tw. (120757)
76 (acinetobacter* or pseudomonas or stenotrophomonas).kw. (20212)
77 70 or 71 or 72 or 73 or 74 or 75 or 76 (157053) =gram neg non fermenting
78 "ceftazidime"/ (37894)
79 piperacillin/ or exp piperacillin derivative/ (18515)
80 (ceftazidim* or piperacillin*).tw. (19130)
81 (ceftazidim* or piperacillin*).kw. (1508)
82 cotrimoxazole/ (74206)
83 co?trimoxazole*.tw. (4290)
84 co?trimoxazole*.kw. (246)
85 9 or 10 or 62 or 63 or 64 or 65 or 66 or 67 or 78 or 79 or 80 or 81 or 82 or 83 or 84 (376978)
86 77 and 85 (31300)= gram neg non fermenting + AB resistance
87 practice guideline/ (359566)
88 guideline?.ti. (90844)
89 guideline?.kw. (30286)
90 87 or 88 or 89 (394992)
91 90 (394992)
92 limit 91 to yr="2012 -Current" (182650)=guidelines na 2012
93 37 and 92 (666)
94 *methicillin resistant Staphylococcus aureus/ (13028)
95 (mrsa or (methicillin?resistant adj3 staphylo*)).ti. (6701)
96 94 or 95 or 6 (18587)
97 96 and 92 (165)
98 36 and 97 (48)
99 *practice guideline/ (62442)
100 99 or 88 or 89 (133874)
101 100 (133874)
102 limit 101 to yr="2012 -Current" (60951)=guidelines focus na 2012
103 98 and 102 (6)
104 45 and 92 and 36 (6)
105 45 and 92 (10)= enterococcus guidelines
106 69 and 92 (551)
107 69 and 92 and 36 (288)
108 107 and 102 (49)
109 exp *Enterobacteriaceae/ (176990)
110 exp *Enterobacteriaceae infection/ (27258)
111 enterobacteriacea*.ti. (5464)
112 47 or 109 or 110 or 111 (197824)= enterobacteriaceae focus
113 112 and 68 and 102 (30)= enterobacteriaceae guidelines
114 86 and 92 (327)
115 exp *Acinetobacter/ (8156)
116 *Pseudomonas aeruginosa/ (29506)
117 *Pseudomonas infection/ (2617)
118 *Acinetobacter infection/ (1239)
119 *Stenotrophomonas maltophilia/ (1370)
120 (acinetobacter* or pseudomonas or stenotrophomonas).ti. (53037)
121 76 or 115 or 116 or 117 or 118 or 119 or 120 (68306) gram neg non fermenting focus
122 121 and 85 and 92 (79)
123 122 and 102 (12)=guidelines non fermenting
124 *methicillin resistant Staphylococcus aureus/ (13028)
125 (mrsa or (methicillin?resistant adj3 staphylo*)).ti. (6701)
126 6 or 124 or 125 (18587)=mrsa focus
127 126 and 92 (165)
128 126 and 102 (38)= guidelines mrsa nw
129 from 98 keep 1-48 (48)
130 from 105 keep 1-10 (10)
131 from 113 keep 1-30 (30)
132 from 123 keep 1-12 (12)
133 from 128 keep 1-38 (38)
134 "filter systematic reviews & meta-analyses Embase".ti. (0)
135 meta analysis/ (153414)
136 "systematic review"/ (186557)
137 (meta-analy$ or metaanaly$).tw. (181331)
138 (systematic$ adj4 (review$ or overview$)).tw. (180463)
139 (quantitativ$ adj5 (review? or overview?)).tw. (4537)
140 (methodologic adj5 (overview? or review?)).tw. (341)
141 (review$ adj3 (database? or medline or embase or cinahl)).tw. (23538)
142 (pooled adj3 analy$).tw. (24630)
143 (extensive adj3 review$ adj3 literature).tw. (3284)
144 (meta or synthesis or (literature adj8 database?) or extraction).tw. (1282864)
145 review.pt. (2381473)
146 144 and 145 (131426)
147 (systematic$ adj4 (review$ or overview$)).kw. (21893)
148 (quantitativ$ adj5 (review? or overview?)).kw. (57)
149 (pooled adj3 analy$).kw. (421)
150 or/135-143,146-149 (462526)
151 150 (462526)
152 limit 151 to yr="2012 -Current" (280521)
153 (126 and 152) not 127 (153)
154 exp bacterium examination/ (199305)
155 exp microbiological examination/ (434682)
156 exp "culture and transport media"/ (126801)
157 exp laboratory technique/ (149608)
158 genotype/ (346187)
159 di.fs. (2914004)
160 154 or 155 or 156 or 157 or 158 or 159 (3726381)
161 exp electrophoresis/ (306623)
162 exp molecular genetics/ (225746)
163 exp bacterial protein/ (147654)
164 160 or 161 or 162 or 163 (4292467)
165 154 or 155 or 156 or 157 or 158 or 161 or 162 or 163 (1593311)
166 126 and 152 and 165 (31)=SR mrsa
167 45 and 152 and 165 (6)=SR enterococcus
168 69 and 112 and 152 and 165 (34)=SR enterobacteriaceae
169 86 and 121 and 152 and 165 (7)=SR gram neg non fermental
170 36 and 165 and 152 (253)
171 exp *bacterium examination/ (33153)
172 exp *microbiological examination/ (76596)
173 exp *"culture and transport media"/ (12507)
174 exp *laboratory technique/ (6568)
175 *genotype/ (30640)
176 exp *electrophoresis/ (47860)
177 exp *molecular genetics/ (38707)
178 exp *bacterial protein/ (72276)
179 171 or 172 or 173 or 174 or 175 or 176 or 177 or 178 (280624)
180 55 or 179 (281010)
181 170 and 180 (25)=SR alg antibiotic resist
182 (commercial adj3 assay?).tw. (4256)
183 (commercial adj3 assay?).kw. (16)
184 (growth-based adj3 assay?).tw. (33)
185 (growth-based adj3 assay?).kw. (0)
186 (immunochromatographic adj3 assay?).tw. (1018)
187 (immunochromatographic adj3 assay?).kw. (201)
188 ((Phenotypic or (rapid adj2 colorimetric) or (molecular adj2 based) or (polymerase adj chain adj reaction)) adj3 method*).tw. (17393)
189 ((Phenotypic or (rapid adj2 colorimetric) or (molecular adj2 based) or (polymerase adj chain adj reaction)) adj3 method*).kw. (104)
190 ((Antibiotic adj2 susceptibility adj2 test*) or (susceptibility adj3 pattern?) or (disc adj3 diffusion?) or (OXA-48 disk adj3 test)).tw. (17052)
191 ((Antibiotic adj2 susceptibility adj2 test*) or (susceptibility adj3 pattern?) or (disc adj3 diffusion?) or (OXA-48 disk adj3 test)).kw. (861)
192 ((Matrix-assisted laser adj2 desorption) or (ionization* adj2 spectrometr*) or (MALDI-TOF or maldi*)).tw. (49806)
193 ((Matrix-assisted laser adj2 desorption) or (ionization* adj2 spectrometr*) or (MALDI-TOF or maldi*)).kw. (9177)
194 Carrier State/ (58448)
195 (carrier adj2 state?).tw. (3728)
196 swab?.tw. (36732)
197 swab?.kw. (912)
198 (culture adj3 (site? or number? or material? or timing or transport*)).tw. (6327)
199 or/182-198 (192308)
200 (126 and 152 and 199) not 165 (11)
201 (45 and 152 and 199) not 165 (0)
202 (69 and 112 and 152 and 199) not 165 (4)
203 *antibiotic resistance/ (49167)
204 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).ti. (11789)
205 ((resistance adj3 antibiotic) or (antimicrobial adj3 drug adj3 resistance?) or (antibiotic adj3 resistant adj3 organism) or (multidrug adj3 resistant adj3 organism) or (healthcare adj3 associat* adj3 infect*) or (drug adj3 resistant adj3 infect*)).kw. (10356)
206 203 or 204 or 205 (58586)
207 179 or 199 (461458)
208 152 and 206 and 207 (29) resistentie alg testen SR