Kennislacunes

Voordat NGS common practice werd en het aantal predictieve markers heel klein was, werd er alleen maar gebruik gemaakt van PCR gebaseerde testen (bijvoorbeeld Sanger sequentieanalyse), maar doordat het aantal mutatie-hotspots en aantal predictieve genen toegenomen is (zie deze richtlijn) en nog verder zal toenemen, maken bijna alle diagnostische labs de overstap naar NGS met een multigen panel. Maar er is geen reden voor standaard lab normen (ISO15189) om uitgebreide vergelijking te doen met verouderde PCR testen (behalve voor onderzoeksdoeleinde). Dus het aantal studies die deze vergelijkingen doen is heel klein en maakt daardoor directe vergelijkingen lastig.

 

Verder zijn er NGS methoden beschikbaar met een hoge analytische sensitiviteit voor mutaties door gebruik van iDES (integrated digital error suppression) door combinatie UMI (unique-molecular-identifier) en sequence polishing (bijvoorbeeld Avenio ctDNA kit) die heel geschikt zijn voor detectie mutaties met een VAF van lager dan 1% zoals ctDNA testing in plasma (Newman, 2016).

 

Tenslotte komen er ook gevoeligere mutatie-testen beschikbaar voor (FFPE-weefselmateriaal) dat ongeschikt is voor NGS vanwege een lage hoeveelheid DNA of lage tumorcelpercentage zoals Ageno-UltraSeek, Idylla-Biocartis, BioRad-ddPCR, een andere met de beperking dat ze slechts een of hele kleine aantallen mutaties testen (dus geen compleet profiel van alle relevante predictieve mutaties).